本发明涉及生物医药,具体涉及一种从甲醛固定的生物组织中提取rna的方法及其试剂盒。
背景技术:
1、下一代测序(ngs)可以提供对短序列的深入分析,这使其成为对从福尔马林固定石蜡包埋(ffpe)组织分离的核酸使用的强大工具。目前从病理科取来的经福尔马林固定、石蜡包埋的组织可用于rna表达分析。
2、ffpe(formalin-fixed paraffin-embedding)即用福尔马林将组织或细胞固定后用石蜡包埋,是一种组织或细胞保存技术。福尔马林中的甲醛可以与蛋白质的氨基结合,使蛋白质凝固变性,保持组织细胞结构的完整性。通过ffpe技术处理得到的样本我们称为ffpe样本,因实际使用时会切成薄片,也称石蜡切片。
3、这项技术长期以来在临床检验、医学科学研究中得到广泛应用,尤其是细胞形态学研究和肿瘤病理学研究,如:he染色、免疫组化及荧光原位杂交等。随着分子生物学的发展,ffpe样本在分子诊断及研究的应用需求越来越多。目前在ngs医检所中,除去血液样本,接收的所有组织样本几乎均为蜡块、白片、蜡卷等ffpe样本。为了保证ngs实验数据的准确性与真实性,从ffpe样本中纯化出高质量的核酸十分重要。
4、从福尔马林或者石蜡固定的组织中提取rna的试剂盒整个过程走下来的话发现最值得率非常低大约宁都在十几到三十几,无法用于后续试验,但是最近发现在其中某个步骤后不再使用该试剂盒的试剂以及内容物,完全换成其他试剂替代,得率会提高几十倍,也就是说这个方法我们只需要改试剂盒里面的某些试剂然后再结合其它试剂,性价比都会明显提高。
技术实现思路
1、本发明的目的在于提供一种从甲醛固定的生物组织中提取rna的方法及其试剂盒。
2、为实现上述目的,本发明采用了如下技术方案:
3、一种从甲醛固定的生物组织中提取rna的方法,包括如下步骤:
4、步骤1:从甲醛中取出组织,切碎;
5、步骤2:加入ep管,并盖上盖子;
6、步骤3:加入缓冲液pkd,并通过涡旋混合;
7、步骤4:以10000rpm离心1min;
8、步骤5:加入的蛋白酶k,混匀;
9、步骤6:孵育15min,然后在80℃下孵育15min;如果使用没有振动功能的加热块,每3-5min涡旋短暂混合;
10、步骤7:在冰上孵育3min;
11、步骤8:加入的dnase booster buffer和10μl d nase i原液,颠倒混匀,离心,将所有液体收集至管底;
12、步骤9:在室温下孵育15min;
13、步骤10:提取生物组织总rna。
14、步骤10为使用trizol法提取生物组织总rna。
15、或者,所述步骤10包括下步骤:
16、加入rnaex,匀浆机中匀浆,静置5min;
17、离心12000rpm,4℃,5min,上清液转移至新的ep管中,加入氯仿,充分混匀;室温静置;
18、离心后;小心取出ep管,
19、吸取上清液转移至新ep管中。
20、加入异丙醇,充分混匀,室温下静置;
21、离心,弃上清;
22、加入80%乙醇,清洗rna沉积及离心管管壁,弃上清。
23、打开离心管,室温干燥5~10min。
24、加入不含rnase的水溶解rna,-80℃备用。
25、一种从甲醛固定的生物组织中提取rna的试剂盒,包括rnaex溶液、氯仿溶液、异丙醇溶液、乙醇和不含rnase的水。
26、用于所述的rna提取。
27、与现有技术相比,本发明有益效果如下:
28、本发明提供了一种简单、可靠、快速的方法,可从福尔马林固定石蜡包埋(ffpe)的组织标本中分离高质量的总rna,用于基因表达的回顾性基础和临床生物学研究,无需使用毒性有机溶剂进行脱蜡。
29、本发明可分离rna,尽可能提高得率并尽可能减少降解,纯化的总rna适合与多种下游应用和产品配合使用。
1.一种从甲醛固定的生物组织中提取rna的方法,其特征在于包括如下步骤:
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于所述步骤10为使用trizol法提取生物组织总rna。
3.根据权利要求1所述的应用,其特征在于所述步骤10包括下步骤:
4.一种从甲醛固定的生物组织中提取rna的试剂盒,其特征在于包括rnaex溶液、氯仿溶液、异丙醇溶液、乙醇和不含rnase的水。
5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于用于权利要求1所述的rna提取。