一种用于鉴定东北南星和灯台莲的Indel分子标记

专利2025-07-06  7


本发明属于生物,具体涉及鉴定东北南星和灯台莲的indel分子标记及其应用。


背景技术:

1、东北南星(arisaemaamurensemaxim.)与灯台莲(arisaemabockiiengler.)同为天南星科天南星属的多年生草本,其中东北南星为《中国药典》规定的天南星药材的正品基原之一。按《中国植物志》对这两个物种的鉴别点的描述,东北南星为一片叶子,灯台莲为两片叶子,然而在对东北南星和灯台莲的野外观察中发现,东北南星常存在两片叶子的类型,灯台莲也常存在一片叶子的类型,而且两者都具有短柄的棒状附属器,叶片均为鸟趾状复叶(图1)。

2、因此,按《中国植物志》的描述难以区分两者,以致《安徽植物志》误将单叶类型的的灯台莲作东北南星收录,可见按照传统的分类学对灯台莲和东北南星进行区分,专业人士尚可能存在错误,可能导致灯台莲误作为东北南星入药。因此,需要寻求新的方式对两者进行区分,其中分子鉴别是如今较为快速、可靠的鉴定方式,通过开发鉴定东北南星和灯台莲的分子标记可以对二者种质资源管理和中药材的入药标准制定方面提供重要依据。


技术实现思路

1、本发明主要针对上述技术问题,提供一种简便的分子标记的方法,实现东北南星和灯台莲的鉴定区分。具体提供一种鉴定东北南星和灯台莲的indel分子标记及其应用。

2、具体地,本发明提供如下技术方案:

3、第一方面,本发明提供一种鉴定区分东北南星和灯台莲的indel分子标记,所述indel分子标记为seq id no.1第495-637位的碱基序列,能够通过如seq id no.3-12所示的引物对扩增得到。

4、本发明利用高通量测序的方法,从东北南星和灯台莲全基因组序列中组装出基因组contigs,并对东北南星和灯台莲的基因组contigs进行比较,与灯台莲相比,东北南星基因组内存在一段143bp的插入,该序列长度较长,推测可作为indel分子标记,通过常规的pcr和琼脂糖凝胶电泳对东北南星和灯台莲进行鉴定区分。

5、进一步针对上述插入序列设计引物,使上述插入序列包含在引物扩增产物内部。

6、选择包括不同叶片数量的东北南星和灯台莲样品,利用设计的引物进行pcr扩增。

7、电泳结果显示东北南星(1-6点样孔)的pcr产物长度明显长于灯台莲(7-12点样孔)的pcr产物长度,和预期一致,且与物种的叶片数量无关。

8、在另一个实施例中,任何包含上述indel分子标记序列的dna或rna片段均可作为鉴定分子标记用于鉴定区分东北南星和灯台莲。

9、第二方面,本发明提供用于扩增上述indel分子标记的引物,所述引物的扩增产物序列包含有上述indel分子标记序列。

10、在一个优选实施例中,本发明的引物包括如seq id no.3-seq id no.12所示的至少一条正向引物和一条反向引物序列,优选为包含seq id no.3和seq id no.8所示的引物序列。

11、第三方面,本发明提供含有上述引物的试剂盒。

12、第五方面,本发明提供上述indel分子标记或引物或试剂盒的以下任一应用:

13、(1)在鉴定鉴定东北南星和灯台莲中的应用;

14、(2)在东北南星和灯台莲种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种中的应用;

15、(3)在筛选或创制不同东北南星和灯台莲品种中的应用;

16、(4)在构建东北南星和灯台莲的dna指纹数据库中的应用;

17、(5)在东北南星和灯台莲的种苗质量检测中的应用。

18、采用本发明的单一indel分子标记分子标记就能够简单有效区分待测品种是东北南星还是灯台莲,为东北南星和灯台莲的鉴定、种植、资源利用和育种提供保证。也对于天南星科物种分类、系统发育、系统地理学研究,以及保护和利用天南星科资源等方面都具有重要意义。



技术特征:

1.一种用于鉴定区分东北南星和灯台莲的indel分子标记,其特征在于,所述indel分子标记包含如seq id no.1所述序列第495-637位的碱基序列。

2.根据权利要求1所述的indel分子标记,其特征在于,所述indel分子标记只存在于东北南星基因组中,不存在于灯台莲基因组中。

3.根据权利要求1所述的indel分子标记,其特征在于,所述indel分子标记为如seq idno.1所述序列。

4.用于鉴定区分东北南星和灯台莲的引物,所述引物为能够在东北南星基因组内扩增出seq id no.1的引物。

5.根据权利要求4所述的引物,其特征在于,所述引物包括如seq id no.3-7所示至少一条正向引物,以及seq id no.8-12所示至少一条反向引物序列。

6.含有权利要求4或5所述的引物的试剂盒。

7.权利要求1所述的indel分子标记或权利要求4所述的引物或权利要求6所述的试剂盒的以下任一应用:


技术总结
本发明涉及分子标记技术领域,具体涉及用于鉴定区分东北南星和灯台莲的Indel分子标记。本发明的Indel分子标记能够通过如SEQ ID NO.3‑12所示的引物对扩增得到。采用本发明的Indel分子标记可以有效鉴定区分东北南星和灯台莲。

技术研发人员:徐涛,易善勇,沈晓晓,韩邦兴,王威,张晓美,李余先
受保护的技术使用者:皖西学院
技术研发日:
技术公布日:2024/12/17
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