本公开涉及rna，并且具体为mrna分子的5'端区域，包含例如新的mrna 5'端区域基序(或mrna帽)及其起始子。
背景技术：
1、mrna的5'端区域可以是真核mrna分子的重要结构和/或功能特征，因为它能够为mrna提供稳定性(例如，通过提供针对5'核酸外切酶的保护)并参与rna剪接、mrna转运和支持蛋白质翻译的其他活动。常规mrna帽的结构元件通常包括在5'端连接到三磷酸(ppp)桥的反向7-甲基鸟苷(m7g)，该磷酸桥又连接到mrna转录物的第一核苷酸(n1)。本文所述的5'端区域mrna基序及其序列起始子在若干方面不同于常规的mrna帽，包含例如，它们包括化学修饰的反向7-甲基鸟苷(m7g)核苷结构和/或经修饰的三磷酸(ppp)键。常规的帽通常是制造mrna分子中最昂贵的部件之一。因此，在保持或提高加帽效率和/或mrna产率的同时，常规帽的替代方案对本领域来说是各自独立的重要方面。
技术实现思路
1、文描述了新的mrna 5'端区域基序及其起始子。
2、在一个方面，本文描述了一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(i)的化合物或其盐或溶剂化物：
3、
4、其中
5、b1为
6、b2、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
7、z1和z2各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-och2ch3、-sch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
8、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
9、q1和q4各自独立地为-ch2-、-ch＝ch-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
10、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
11、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
12、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
13、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
14、p＝0、1、2、3、4、5或6。
15、在另一方面，本文所述的式(i)的化合物满足以下限制性条件(i)至(iii)中的一个或多个：(i)x1、x2、x3、x4和xn中的至少一个为-sh或-s-；(ii)y1、y2、y3、y4和yn中的至少一个为＝s；和(iii)a、a1和a2中的至少一个为-s-。
16、在另一方面，ivt mrna序列起始子满足x1、x2、x3、x4和xn中的至少一个为-sh或-s-；y1、y2、y3、y4和yn中的至少一个为＝s；或者a、a1和a2中的至少一个为-s-。
17、在一个方面，本文描述了一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(ii)的化合物或其盐或溶剂化物：
18、
19、其中
20、b1为
21、b2、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
22、z1和z'各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh(ch3)、-nh2、-nh(c(＝o)ch3)或-sch3；
23、z2和z”各自独立地为氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-sch3、-och2ch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
24、z”'为氢、氟、-ch3、-ch2ch3、-och3或-och2ch3；
25、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
26、q1和q4各自独立地为-ch＝ch-、-ch2-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
27、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
28、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
29、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
30、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
31、p＝0、1、2、3、4、5或6。
32、在一个方面，本文描述了一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(ii)的化合物或其盐或溶剂化物：
33、
34、其中
35、b1为
36、b2、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
37、z'和z”各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh(ch3)、-nh2、-nh(c(＝o)ch3)或-sch3；
38、z”'为氢、氟、-ch3、-ch2ch3、-och3或-och2ch3；
39、z1和z2各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-sch3、-och2ch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
40、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
41、q1和q4各自独立地为-ch＝ch-、-ch2-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
42、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
43、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
44、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
45、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
46、p＝0、1、2、3、4、5或6。
47、在一个方面，本文描述了一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(ii)的化合物或其盐或溶剂化物：
48、
49、其中
50、b1为
51、b2、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
52、z'和z”各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh(ch3)、-nh2、-nh(c(＝o)ch3)或-sch3；
53、z”'为氢、氟、-ch3、-ch2ch3、-och3或-och2ch3；
54、z1和z2各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-sch3、-och2ch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
55、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
56、q1和q4各自独立地为-ch＝ch-、-ch2-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
57、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
58、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
59、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
60、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
61、p＝0、1、2、3、4、5或6。
62、在一个方面，本文描述了一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(iii)的化合物或其盐或溶剂化物：
63、
64、其中
65、b1为
66、b2为经修饰的或非天然的核碱基；
67、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
68、z1和z2各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-och2ch3、-sch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
69、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
70、q1和q4各自独立地为-ch2-、-ch＝ch-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
71、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
72、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
73、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
74、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
75、p＝0、1、2、3、4、5或6。
76、在另一方面，z3为氢、氟、-oh、-och3、-或-och2ch3。在另一方面，其中z3为-och3。在另一方面，z4和zn独立地为-oh或-och3。在另一方面，z3、z4和zn各自独立地为-oh或-och3。在另一方面，y2、y4和yn独立地为＝o或＝s。在另一方面，x2和x3独立地为-o-或-s-。
77、在一些实施方案中，式(iii)的化合物为盐。在一些实施方案中，所述盐为碱金属盐。在一些实施方案中，所述盐为钠盐。在一些实施方案中，所述盐为铵盐。
78、在另一方面，所述ivt mrna序列起始子包括硫代磷酸酯。在另一方面，所述硫代磷酸酯包括手性磷中心。在另一方面，本文描述了一种组合物，其包括ivt mrna序列起始子，其中所述组合物包括所述ivt mrna序列起始子的r非对映异构体和s非对映异构体的外消旋混合物。在另一方面，所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少60％。在另一方面，所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少80％。在另一方面，所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少90％。在另一方面，所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少95％。在另一方面，所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少98％。
79、在一个方面，本文描述了一种具有5'端区域基序(i')的mrna序列：
80、
81、其中
82、b1为
83、b2、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
84、z1和z2各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-och2ch3、-sch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
85、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
86、q1和q4各自独立地为-ch2-、-ch＝ch-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
87、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
88、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
89、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
90、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
91、p＝0、1、2、3、4、5或6。
92、在另一方面，式(i)满足以下限制性条件(i)至(iii)中的一个或多个：(i)x1、x2、x3、x4和xn中的至少一个为-sh或-s-；(ii)y1、y2、y3、y4和yn中的至少一个为＝s；和(iii)a、a1和a2中的至少一个为-s-。在另一方面，x1、x2、x3、x4和xn中的至少一个为-sh或-s-；y1、y2、y3、y4和yn中的至少一个为＝s；或者a、a1和a2中的至少一个为-s-。
93、在一个方面，本文描述了一种具有5'端区域基序(ii')的mrna序列：
94、
95、其中
96、b1为
97、b2、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
98、z1和z'各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh(ch3)、-nh2、-nh(c(＝o)ch3)或-sch3；
99、z2和z”各自独立地为氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-sch3、-och2ch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
100、z”'为氢、氟、-ch3、-ch2ch3、-och3或-och2ch3；
101、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
102、q1和q4各自独立地为-ch＝ch-、-ch2-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
103、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
104、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
105、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
106、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
107、p＝0、1、2、3、4、5或6。
108、在一个方面，本文描述了一种具有5'端区域基序(ii')的mrna序列：
109、
110、其中
111、b1为
112、b2、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
113、z'和z”各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh(ch3)、-nh2、-nh(c(＝o)ch3)或-sch3；
114、z”'为氢、氟、-ch3、-ch2ch3、-och3或-och2ch3；
115、z1和z2各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-sch3、-och2ch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
116、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
117、q1和q4各自独立地为-ch＝ch-、-ch2-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
118、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
119、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
120、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
121、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
122、p＝0、1、2、3、4、5或6。
123、在一个方面，本文描述了一种具有5'端区域基序(ii')的mrna序列：
124、
125、其中
126、b1为
127、b2、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
128、z'和z”各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh(ch3)、-nh2、-nh(c(＝o)ch3)或-sch3；
129、z”'为氢、氟、-ch3、-ch2ch3、-och3或-och2ch3；
130、z1和z2各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-sch3、-och2ch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
131、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
132、q1和q4各自独立地为-ch＝ch-、-ch2-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
133、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
134、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
135、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
136、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
137、p＝0、1、2、3、4、5或6。
138、在一个方面，本文描述了一种具有5'端区域基序(iii')的mrna序列：
139、
140、其中
141、b1为
142、b2为经修饰的或非天然的核碱基；
143、b3和bn各自独立地为天然的、经修饰的或非天然的核碱基；
144、z1和z2各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-och2ch3、-sch3、-nh2、nhch3或nhc(＝o)ch3；
145、z3、z4和zn各自独立地为氢、氟、-oh、-sh、-ch3、-ch2ch3、-och3、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-och2ch3、-och2och3、-och2ch2ch3、-och(ch3)2、-sch3或-och2ch2och3；
146、q1和q4各自独立地为-ch2-、-ch＝ch-、-ch2o-、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch2cf2-、-ch2nh2-、-ch2nh(ch3)-或-ch2n(c(＝o)ch3)-；
147、q2和q3各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-cf2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；
148、x1、x2、x3、x4和xn各自独立地为-oh、-sh、-o-、-s-、-nh2、-nhch3、-nh(c(＝o)ch3)、-ch3、-ch2ch3、-ch2ch2ch3、-ch(ch3)2、-och3或-och2ch3；
149、y1、y2、y3、y4和yn各自独立地为＝o、＝s、＝nh或＝nch3；
150、a、a1和a2各自独立地为-o-、-s-、-ch2-、-nh-、-n(ch3)-或-n(c(＝o)ch3)-；并且
151、p＝0、1、2、3、4、5或6。
152、在一个方面，本文描述了一种具有5'端区域基序的mrna序列，其中5'端区域基序是来自表1的化合物或其盐或溶剂化物。
153、在另一方面，本文描述了一种具有5'端区域基序的mrna序列，其中5'端区域基序是来自表2的化合物或其盐或溶剂化物。
154、在另一方面，本文描述了一种具有5'端区域基序的mrna序列，其中5'端区域基序是来自表3的化合物或其盐或溶剂化物。
155、在另一方面，所述mrna序列起始子为盐。在一些实施方案中，所述mrna序列起始子为钠盐。
156、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z3为氢、氟、-oh、-och3、-或-och2ch3。
157、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z3为-och3。
158、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z4和zn各自独立地为-oh或-och3。
159、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z3、z4和zn各自独立地为-oh或-och3。
160、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，b1为
161、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，b1为
162、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，b1为
163、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，b1为
164、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，b2为
165、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z1为氟、-oh、-och3。
166、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z1为氟。
167、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z1为-oh。
168、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z1为-och3。
169、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z2为氟、-oh、-och3。
170、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z2为氟。
171、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z2为-oh。
172、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，z2为-och3。
173、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，q1和q4为-ch2o-。
174、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，q2和q3各自为-o-。
175、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，y1和y3各自为＝o。
176、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，y2、y4和yn各自独立地为＝o或＝s。
177、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，y1、y2、y3、y4和yn中的一个或多个为＝s。
178、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，y2为＝s。
179、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，y4为＝s。
180、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，y1、y2、y3、y4和yn各自为＝o。
181、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，x1、x4和xn各自为-o-。
182、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，x2和x3各自独立地为-o-或-s-。
183、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，x3为-o-。
184、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，x1、x2、x3、x4和xn中的一个或多个为-s-。
185、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，x2为-s-。
186、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，x4为-s-。
187、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，x1、x2、x3、x4和xn各自为-o-。
188、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，a、a1和a2各自为-o-。
189、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，a、a1和a2中的一个或多个为-s-。
190、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，a为-s-，并且a1和a2为-o-。
191、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，a2为-s-，并且a和a1为-o-。
192、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，a、a1和a2为-o-。
193、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，p为0。
194、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，p为1。
195、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，p为2。
196、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，其中b2、b3和bn各自独立地为腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶、胸腺嘧啶、次黄嘌呤或嘌呤。
197、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，b2为腺嘌呤，并且b3为鸟嘌呤。
198、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，b2为鸟嘌呤，并且b3为腺嘌呤。
199、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，蛋白质表达增加。
200、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，q1和q4为-ch2o-；q2和q3为-o-；xn各自独立地为-oh、-sh、o-或s-；yn各自独立地为＝o或＝s；并且b1为
201、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，q1和q4为-ch2o-；q2和q3为-o-；xn各自独立地为-oh、-sh、o-或s-；yn各自独立地为＝o或＝s；并且b1为
202、在具有5'端区域基序的mrna序列的另一方面，q1和q4为-ch2o-；q2和q3为-o-；xn各自独立地为-oh、-sh、o-或s-；yn各自独立地为＝o或＝s；并且b1为
203、在另一方面，本文描述了一种复合物，其包括具有5'端区域基序的mrna序列和dna模板，其中具有5'端区域基序的mrna序列包括本文所述的化合物，其中dna模板包括启动子区域，所述启动子区域包括转录起始位点，所述转录起始位点具有在核苷酸位置+1处的第一核苷酸、在核苷酸位置+2处的第二核苷酸和在核苷酸位置+3处的第三核苷酸；并且其中具有5'端区域基序的mrna序列至少在核苷酸位置+1、+2和+3处与dna模板杂交。
204、在另一方面，本文描述了一种复合物，其包括具有5'端区域基序的mrna序列和dna模板，其中具有5'端区域基序的mrna序列包括本文所述的化合物，其中dna模板包括启动子区域，所述启动子区域包括转录起始位点，所述转录起始位点具有在核苷酸位置+1处的第一核苷酸和在核苷酸位置+2处的第二核苷酸；并且其中具有5'端区域基序的mrna序列至少在核苷酸位置+1和+2处与dna模板杂交。
205、在另一方面，本文描述了一种rna分子，其包括具有5'端区域基序的mrna序列。在另一方面，rna包括向导rna或核酸酶mrna。在另一方面，rna包括mrna。
206、在另一方面，本文描述了一种表达mrna的方法，所述方法包括将本文所述的mrna引入到细胞裂解物中以表达mrna。在另一方面，所述方法还包括测量mrna的表达水平。在另一方面，如本文方法中所述，mrna的表达水平为不含具有5'端区域基序的mrna序列的相应mrna的至少2倍、3倍、4倍、6倍、8倍或20倍。在另一方面，本文所述的方法涉及hela细胞。在另一方面，本文描述的，所述方法涉及产生至多0.1wt％的dsrna。在另一方面，本文描述的，所述方法涉及产生至多0.09wt％的dsrna。在另一方面，本文描述的，所述方法涉及产生至多0.06wt％的dsrna。在另一方面，本文描述的，所述方法涉及产生至多0.04wt％的dsrna。
207、在另一方面，本文描述了一种检测由mrna产生的细胞免疫刺激的方法，所述方法包括(a)使包括根据本文所述的化合物的加帽mrna的制剂与细胞报告细胞系接触，和(b)测量所述细胞报告细胞系中的rig-i活化。在另一方面，报告细胞系是hek-lucia rig-i模型。在另一方面，与未加帽的mrna相比，本文所述的细胞免疫刺激减少至少20％、50％、70％、100％和150％。
208、在另一方面，本文描述了一种使用ivt反应产生本文所述的具有5'端区域基序的mrna序列的方法，所述方法包括(a)将dna模板、聚合酶、包括硫代磷酸酯基团(ps)的mrna序列基序和核苷三磷酸(ntp)以所述mrna序列基序与所述ntp的特定摩尔比混合，以产生混合物，(b)在特定温度和持续时间下温育所述混合物，以及(c)从所述混合物中采集并纯化所述具有5'端区域基序的mrna序列。在另一方面，摩尔比为1:5，并且所述方法能够以至少80％的加帽效率产生至少80％的产率。在另一方面，摩尔比为1:2.5，并且所述方法能够以至少85％的加帽效率产生至少80％的产率。在另一方面，摩尔比为1:1.67，并且所述方法能够以至少90％的加帽效率产生至少80％的产率。在另一方面，摩尔比为1:1.25，并且所述方法能够以至少90％的加帽效率产生至少80％的产率。在另一方面，摩尔比为1.0:1.0，并且所述方法能够以至少80％的加帽效率产生至少80％的产率。在另一方面，摩尔比为1:5，并且所述方法能够以至少80％的加帽效率产生每毫升(ml)ivt反应至少3mg mrna的产率。在另一方面，摩尔比为1:2.5，并且所述方法能够以至少85％的加帽效率产生每毫升(ml)ivt反应至少3mg mrna的产率。在另一方面，摩尔比为1:1.67，并且所述方法能够以至少90％的加帽效率产生每毫升(ml)ivt反应至少3mg mrna的产率。在另一方面，摩尔比为1:1.25，并且所述方法能够以至少90％的加帽效率产生每毫升(ml)ivt反应至少3mg mrna的产率。在另一方面，摩尔比为1.0:1.0，并且所述方法能够以至少80％的加帽效率产生每毫升(ml)ivt反应至少3mg mrna的产率。在另一方面，ntp为gtp、atp、ctp、utp、经修饰的ntp或其组合。在另一方面，经修饰的ntp是n1-甲基假尿苷。
209、在另一方面，本文描述了一种细胞，其含有rna分子，所述rna分子包括本文所述的具有5'端区域基序的mrna序列。
210、在另一方面，本文描述了一种细胞，其含有从rna分子翻译的多肽，所述rna分子包括本文所述的具有5'端区域基序的mrna序列。
211、在另一方面，本文描述了一种药物组合物，其包括rna分子和一种或多种药学上可接受的赋形剂，所述rna分子包括本文所述的具有5'端区域基序的mrna序列。在另一方面，药物包括脂质纳米颗粒。在另一方面，药物组合物被包封在脂质纳米颗粒中。在另一方面，药物组合物还包括一种或多种单一向导rna，所述单一向导rna被设计成靶向一种或多种感兴趣基因的一个或多个特定位置，以在施用于哺乳动物后引发药理学效应。
212、在另一方面，本文描述了一种用于合成rna分子的方法，所述方法包括：将本文所述的具有5'端区域基序的mrna序列引入到包括rna聚合酶的混合物中，以及将混合物温育足以允许rna分子转录的时间。在另一方面，混合物还包括dna模板和核苷三磷酸。
213、在另一方面，本文描述了一种基因编辑的方法，所述方法包括将rna分子或药物组合物引入到细胞中，其中rna分子包括向导rna或核酸酶mrna，其中rna分子在细胞中被翻译。
214、在另一方面，本文描述了一种用于在有需要的对象中降低冠状动脉疾病的风险的方法，所述方法包括向所述对象施用有效量的本文所述的药物组合物。
215、通过引用并入
216、本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用的方式并入本文，如同每个单独的出版物、专利或专利申请都被明确且单独地指示通过引用并入。
1.一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(i)的化合物或其盐或溶剂化物：
2.根据权利要求1所述的ivt mrna序列起始子，其中x1、x2、x3、x4和xn中的至少一个为-sh或-s-；y1、y2、y3、y4和yn中的至少一个为＝s；或者a、a1和a2中的至少一个为-s-。
3.一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(ii)的化合物或其盐或溶剂化物：
4.一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(ii)的化合物或其盐或溶剂化物：
5.一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(ii)的化合物或其盐或溶剂化物：
6.一种体外转录的(ivt)mrna序列起始子，其包括式(iii)的化合物或其盐或溶剂化物：
7.根据权利要求1所述的ivt mrna序列起始子，其中所述起始子具有式(i-a)的结构：
8.根据权利要求1所述的ivt mrna序列起始子，其中所述起始子具有式(i-b)的结构：
9.根据权利要求1所述的ivt mrna序列起始子，其中所述起始子具有式(i-c)的结构：
10.根据权利要求1所述的ivt mrna序列起始子，其中所述起始子具有式(i-d)的结构：
11.根据权利要求6所述的ivt mrna序列起始子，其中所述起始子具有式(iii-a)的结构：
12.根据权利要求1至11中任一项所述的ivt mrna序列起始子，其中z3为氢、氟、-oh、-och3、-或-och2ch3。
13.根据权利要求12所述的ivt mrna序列起始子，其中z3为-och3。
14.根据权利要求12所述的ivt mrna序列起始子，其中z4和zn各自独立地为-oh或-och3。
15.根据权利要求1至2中任一项所述的ivt mrna序列起始子，其中z3、z4和zn各自独立地为-oh或-och3。
16.根据权利要求1至15中任一项所述的ivt mrna序列起始子，其中y2、y4和yn各自独立地为＝o或＝s。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的ivt mrna序列起始子，其中x2和x3各自独立地为-o-或-s-。
18.根据权利要求6或11所述的ivt mrna序列起始子，其中b2为
19.根据权利要求6或11中任一项所述的ivt mrna序列起始子，其中所述化合物为
20.根据权利要求5所述的ivt mrna序列起始子，其中所述化合物为
21.根据权利要求1、2或10中任一项所述的ivt mrna序列起始子，其中所述化合物为
22.根据权利要求1至18中任一项所述的ivt mrna序列起始子，其中所述化合物包括硫代磷酸酯。
23.根据权利要求22所述的ivt mrna序列起始子，其中所述硫代磷酸酯包括手性磷中心。
24.根据权利要求1至2、10、21所述的ivt mrna序列起始子，其中所述化合物为
25.根据权利要求1至2、10或21所述的ivt mrna序列起始子，其中所述化合物为
26.一种组合物，其包括根据权利要求22或23所述的ivt mrna序列起始子，其中所述组合物包括所述化合物的r非对映异构体和s非对映异构体的外消旋混合物。
27.一种组合物，其包括根据权利要求24或25所述的ivt mrna序列起始子，其中所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少60％。
28.一种组合物，其包括根据权利要求24或25所述的ivt mrna序列起始子，其中所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少80％。
29.一种组合物，其包括根据权利要求24或25所述的ivt mrna序列起始子，其中所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少90％。
30.一种组合物，其包括根据权利要求24或25所述的ivt mrna序列起始子，其中所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少95％。
31.一种组合物，其包括根据权利要求24或25所述的ivt mrna序列起始子，其中所述组合物中的所述ivt mrna序列起始子的立体化学纯度为至少98％。
32.一种具有5'端区域基序(i')的mrna序列：
33.根据权利要求16所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中x1、x2、x3、x4和xn中的至少一个为-sh或-s-；y1、y2、y3、y4和yn中的至少一个为＝s；或者a、a1和a2中的至少一个为-s-。
34.一种具有5'端区域基序(ii')的mrna序列：
35.一种具有5'端区域基序(ii')的mrna序列：
36.一种具有5'端区域基序(ii')的mrna序列：
37.一种具有5'端区域基序(iii')的mrna序列：
38.根据权利要求32所述的具有5'端区域基序(i'-a)的mrna序列，其中所述基序具有基序(i'-a)的结构：
39.根据权利要求32所述的具有5'端区域基序(i'-b)的mrna序列，其中所述基序具有基序(i'-b)的结构：
40.根据权利要求32所述的具有5'端区域基序(i'-c)的mrna序列，其中所述基序具有基序(i'-c)的结构：
41.根据权利要求32所述的具有5'端区域基序(i'-d)的mrna序列，其中所述基序具有基序(i'-d)的结构：
42.根据权利要求32所述的具有5'端区域基序(i'-e)的mrna序列，其中所述基序具有基序(i'-e)的结构：
43.根据权利要求32所述的具有5'端区域基序(i'-f)的mrna序列，其中所述基序具有基序(i'-f)的结构：
44.根据权利要求32所述的具有5'端区域基序(i'-g)的mrna序列，其中所述基序具有基序(i'-g)的结构：
45.根据权利要求32所述的具有5'端区域基序(i'-h)的mrna序列，其中所述基序具有基序(i'-h)的结构：
46.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii')的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-a)的结构：
47.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-b)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-b)的结构：
48.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-c)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-c)的结构：
49.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-d)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-d)的结构：
50.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-e)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-e)的结构：
51.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-f)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-f)的结构：
52.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-g)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-g)的结构：
53.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii-h)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-h)的结构：
54.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-i)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-i)的结构：
55.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-j)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-j)的结构：
56.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-k)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-k)的结构：
57.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-l)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-l)的结构：
58.根据权利要求34至36中任一项所述的具有5'端区域基序(ii'-m)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-m)的结构：
59.根据权利要求35所述的具有5'端区域基序(ii'-n)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-n)的结构：
60.根据权利要求35所述的具有5'端区域基序(ii'-o)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-o)的结构：
61.根据权利要求35所述的具有5'端区域基序(ii'-p)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-p)的结构：
62.根据权利要求35所述的具有5'端区域基序(ii'-q)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-q)的结构：
63.根据权利要求0所述的具有5'端区域基序(ii'-r)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-r)的结构：
64.根据权利要求35所述的具有5'端区域基序(ii'-s)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-s)的结构：
65.根据权利要求35所述的具有5'端区域基序(ii'-t)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-t)的结构：
66.根据权利要求35所述的具有5'端区域基序(ii'-u)的mrna序列，其中所述基序具有基序(ii'-u)的结构：
67.根据权利要求37所述的具有5'端区域基序(iii'-a)的mrna序列，其中所述基序具有基序(iii'-a)的结构：
68.根据权利要求32至37中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z3为氢、氟、-oh、-och3、-或-och2ch3。
69.根据权利要求68所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z3为-och3。
70.根据权利要求68所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z4和zn各自独立地为-oh或-och3。
71.根据权利要求32至37中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z3、z4和zn各自独立地为-oh或-och3。
72.根据权利要求35或44至71中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b1为
73.根据权利要求35或44至71中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b1为
74.根据权利要求35或44至71中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b1为
75.根据权利要求36所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b1为
76.根据权利要求37所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2为
77.根据权利要求32至37中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z1为氟、-oh或-och3。
78.根据权利要求77所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z1为氟。
79.根据权利要求77所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z1为-oh。
80.根据权利要求77所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z1为-och3。
81.根据权利要求32至37中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z2为氟、-oh或-och3。
82.根据权利要求81所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z2为氟。
83.根据权利要求81所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z2为-oh。
84.根据权利要求81所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中z2为-och3。
85.根据权利要求32至84中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中q1和q4为-ch2o-。
86.根据权利要求32至85中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中q2和q3各自为-o-。
87.根据权利要求32至86中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中y1和y3各自为＝o。
88.根据权利要求32至87中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中y2、y4和yn各自独立地为＝o或＝s。
89.根据权利要求32至86中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中y1、y2、y3、y4和yn中的一个或多个为＝s。
90.根据权利要求89所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中y2为＝s。
91.根据权利要求89所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中y4为＝s。
92.根据权利要求32至86中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中y1、y2、y3、y4和yn各自为＝o。
93.根据权利要求32至92中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中x1、x4和xn各自为-o-。
94.根据权利要求32至93中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中x2和x3各自独立地为-o-或-s-。
95.根据权利要求94所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中x3为-o-。
96.根据权利要求32至92中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中x1、x2、x3、x4和xn中的一个或多个为-s-。
97.根据权利要求96所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中x2为-s-。
98.根据权利要求96所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中x4为-s-。
99.根据权利要求32至92中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中x1、x2、x3、x4和xn各自为-o-。
100.根据权利要求32至99中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中a、a1和a2各自为-o-。
101.根据权利要求32至99中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中a、a1和a2中的一个或多个为-s-。
102.根据权利要求32至99或100中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中a为-s-，并且a1和a2为-o-。
103.根据权利要求32至99或100中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中a2为-s-，并且a和a1为-o-。
104.根据权利要求32至99中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中a、a1和a2为-o-。
105.根据权利要求32、34、37或68至103中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中p为0。
106.根据权利要求32、34、37或50至103中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中p为1。
107.根据权利要求32、34、37或50至103中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中p为2。
108.根据权利要求32至107中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2、b3和bn各自独立地为腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶、胸腺嘧啶、次黄嘌呤或嘌呤。
109.根据权利要求108所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2为腺嘌呤，并且b3为鸟嘌呤。
110.根据权利要求109所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2为鸟嘌呤，并且b3为腺嘌呤。
111.根据权利要求32至107中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2为经修饰的腺嘌呤、经修饰的胞嘧啶、经修饰的鸟嘌呤、经修饰的尿嘧啶、经修饰的胸腺嘧啶、经修饰的次黄嘌呤或经修饰的嘌呤，并且b3和bn各自独立地为腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶、胸腺嘧啶、次黄嘌呤或嘌呤。
112.根据权利要求111所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2为经修饰的腺嘌呤，并且b3为鸟嘌呤。
113.根据权利要求112所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2为2-氨基腺嘌呤，并且b3为鸟嘌呤。
114.根据权利要求32至113中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中蛋白质表达有所增加。
115.根据权利要求35至50所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中q1和q4为-ch2o-；q2和q3为-o-；xn各自独立地为-oh、-sh、o-或s-；yn各自独立地为＝o或＝s；并且b1为
116.根据权利要求35至50所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中q1和q4为-ch2o-；q2和q3为-o-；xn各自独立地为-oh、-sh、o-或s-；yn各自独立地为＝o或＝s；并且b1为
117.根据权利要求35至50所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中q1和q4为-ch2o-；q2和q3为-o-；xn各自独立地为-oh、-sh、o-或s-；yn各自独立地为＝o或＝s；并且b1为
118.根据权利要求107至117所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2为腺嘌呤。
119.根据权利要求107至117所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b3为鸟嘌呤。
120.根据权利要求16至119中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中b2为
121.根据权利要求37所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中所述基序为
122.根据权利要求36或46中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中所述基序为
123.根据权利要求32或41中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中所述基序为
124.根据权利要求32至50中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中所述基序包括硫代磷酸酯。
125.根据权利要求123所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中所述硫代磷酸酯包括手性磷中心。
126.根据权利要求122所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中所述基序为
127.根据权利要求122所述的具有5'端区域基序的mrna序列，其中所述基序为
128.一种复合物，其包括具有5'端区域基序的mrna序列和dna模板，其中所述具有5'端区域基序的mrna序列包括权利要求32至126中任一项的化合物，其中
129.一种复合物，其包括具有5'端区域基序的mrna序列和dna模板，其中所述具有5'端区域基序的mrna序列包括权利要求32至126中任一项的化合物，其中
130.一种rna分子，其包括根据权利要求32至129中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列。
131.根据权利要求129所述的rna，其中所述rna包括向导rna或核酸酶mrna。
132.根据权利要求130所述的rna，其中所述rna包括mrna。
133.一种表达mrna的方法，所述方法包括将根据权利要求131所述的mrna引入到细胞裂解物中以表达所述mrna。
134.根据权利要求132所述的方法，其还包括测量所述mrna的表达水平。
135.根据权利要求133所述的方法，其中所述mrna的表达水平为不含所述具有5'端区域基序的mrna序列的相应mrna的至少2倍、3倍、4倍、6倍、8倍或20倍。
136.根据权利要求132所述的方法，其中所述细胞为hela细胞。
137.根据权利要求132所述的方法，其中产生至多0.1wt％的dsrna。
138.根据权利要求136所述的方法，其中产生至多0.09wt％的dsrna。
139.根据权利要求137所述的方法，其中产生至多0.06wt％的dsrna。
140.根据权利要求138所述的方法，其中产生至多0.04wt％的dsrna。
141.一种检测由mrna产生的细胞免疫刺激的方法，所述方法包括(a)使包括权利要求32至126中任一项的加帽的mrna的制剂与细胞报告细胞系接触，和(b)测量所述细胞报告细胞系中的rig-i活化。
142.根据权利要求140所述的方法，其中所述细胞报告细胞系是hek-lucia rig-i模型。
143.根据权利要求140或141中任一项所述的方法，其中与未加帽的mrna相比，细胞免疫刺激减少至少20％。
144.根据权利要求142所述的方法，其中与未加帽的mrna相比，细胞免疫刺激减少至少50％。
145.根据权利要求143所述的方法，其中与未加帽的mrna相比，细胞免疫刺激减少至少70％。
146.根据权利要求144所述的方法，其中与未加帽的mrna相比，细胞免疫刺激减少至少100％。
147.根据权利要求145所述的方法，其中与未加帽的mrna相比，细胞免疫刺激减少至少150％。
148.一种使用ivt反应产生根据权利要求32至131中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列的方法，所述方法包括(a)将dna模板、聚合酶、包括硫代磷酸酯基团的mrna序列起始子和核苷三磷酸(ntp)以所述mrna序列起始子与所述ntp的特定摩尔比混合，以产生混合物，(b)在特定温度和持续时间下温育所述混合物，以及(c)从所述混合物中采集并纯化所述具有5'端区域基序的mrna序列。
149.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:5，并且其中所述方法能够产生至少80％的产率与至少80％的加帽效率。
150.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为1:2.5，并且其中所述方法能够产生至少80％的产率与至少85％的加帽效率。
151.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:1.67，并且其中所述方法能够产生至少80％的产率与至少90％的加帽效率。
152.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:1.25，并且其中所述方法能够产生至少80％的产率与至少90％的加帽效率。
153.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:1，并且其中所述方法能够产生至少80％的产率与至少90％的加帽效率。
154.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:5，并且其中所述方法能够产生每毫升(ml)ivt反应至少3mg mrna的产率与至少80％的加帽效率。
155.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:2.5，并且其中所述方法能够产生每ml ivt反应至少3mg mrna的产率与至少85％的加帽效率。
156.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:1.67，并且其中所述方法能够产生每mlivt反应至少3mg mrna的产率与至少90％的加帽效率。
157.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:1.25，并且其中所述方法能够产生每mlivt反应至少3mg mrna的产率与至少90％的加帽效率。
158.根据权利要求147所述的方法，其中所述mrna序列起始子与所述ntp的所述摩尔比为约1:1，并且其中所述方法能够产生每mlivt反应至少3mg mrna的产率与至少90％的加帽效率。
159.根据权利要求147所述的方法，其中所述ntp为gtp、atp、ctp、utp或经修饰的ntp或其组合。
160.根据权利要求158所述的方法，其中所述经修饰的ntp为n1-甲基假尿苷的5'-三磷酸。
161.一种细胞，其含有rna分子，所述rna分子包括根据权利要求32至126中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列。
162.一种细胞，其含有从rna分子翻译的多肽或蛋白质，所述rna分子包括根据权利要求32至126中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列。
163.一种药物组合物，其包括rna分子和一种或多种药学上可接受的赋形剂，所述rna分子包括根据权利要求32至126中任一项所述的具有5'端区域基序的mrna序列。
164.根据权利要求162所述的药物组合物，其还包括一种或多种单一向导rna，所述单一向导rna被设计成靶向一种或多种感兴趣基因的一个或多个特定位置，以在施用于哺乳动物后引发药理学效应。
165.根据权利要求162所述的药物组合物，其包括脂质纳米颗粒。
166.根据权利要求163所述的药物组合物，其中所述rna被包封在脂质纳米颗粒中。
167.一种用于合成rna分子的方法，所述方法包括：
168.根据权利要求134所述的方法，其中所述混合物还包括dna模板和核苷三磷酸。
169.一种基因编辑的方法，所述方法包括将根据权利要求129或131所述的rna分子或根据权利要求163至166中任一项所述的药物组合物引入到细胞中，其中所述rna分子包括向导rna或核酸酶mrna，其中所述rna分子在所述细胞中被翻译。
170.一种用于在有需要的对象中降低冠状动脉疾病的风险的方法，所述方法包括向所述对象施用有效量的根据权利要求163至166中任一项所述的药物组合物。
