本申请涉及草鱼，具体涉及与草鱼体脂性状关联的分子标记及应用。
背景技术：
1、草鱼(ctenopharyngodon idellus)是我国最大宗的淡水经济鱼类，2023年养殖产量达到594万吨。随着集约化养殖模式的发展，人工配合饲料得到广泛应用，然而生产者为了压低饲料成本投入，往往补充过量廉价能量饲料以节省蛋白饲料利用，导致草鱼体脂过度沉积，进而带来肝胆综合征频发、鱼肉品质下降等问题。
2、脂肪酸结合蛋白3(fabp3)是胞内脂质结合蛋白超家族成员，与长链脂肪酸具有较强的亲和力，主要功能是促进细胞从外环境摄取脂肪酸并输送至胞内线粒体进行β氧化，为细胞提供能量代谢需求。fabp3广泛分布于心肌、骨骼肌、脂肪细胞等对脂肪酸有高度需求的组织。鉴于fabp3对脂肪酸摄取、胞内运输与利用起着重要作用，挖掘分析fabp3基因多态性与草鱼体脂性状的关联性，以期为低脂草鱼品系选育提供技术支撑。
技术实现思路
1、本申请公开了草鱼fabp3基因与体脂性状关联的snps分子标记，分别位于草鱼参考基因组gcf_019924925.1第19号染色体29945677、29948389、29948502处碱基位置。所述三个snps分子标记与草鱼腹脂指数、肝脂含量和肌脂含量等体脂性状紧密关联。上述分子标记可应用于低脂草鱼品系的分子辅助选择育种。为此，本申请实施例至少公开了以下技术方案：
2、第一方面，实施例公开了与草鱼体脂性状关联的分子标记，包括草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29945677处发生单核苷酸g>a突变形成的核苷酸序列；草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29948389处发生单核苷酸g>t突变形成的核苷酸序列；以及草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29948502处发生单核苷酸c>t突变形成的核苷酸序列中的至少一项。
3、第二方面，实施例公开了引物组。所述引物组包括：如seq id no:1和2所示的dna分子；和/或如seq id no:3和4所示的dna分子。所述引物组用于扩增包含第一方面所述的分子标记中3处发生单核苷酸突变位点的核苷酸序列。一些实施例中，利用如seq id no:1和2所示的dna分子扩增包含草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29945677处发生单核苷酸g>a突变形成的核苷酸序列。一些实施例中，利用如seq id no:3和4所示的dna分子扩增包含草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29948389处发生单核苷酸g>t突变形成的核苷酸序列以及草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29948502处发生单核苷酸c>t突变形成的核苷酸序列。
4、第三方面，实施例公开了试剂盒。所述试剂盒包括第二方面所述的引物组。所述试剂盒为pcr扩增试剂盒，包括第二方面所述的引物组以及其他用于pcr扩增的试剂。
5、第四方面，实施例公开了利用分子标记筛选草鱼体脂性状优良个体的方法。所述方法包括：提取待选草鱼鳍条基因组dna；利用第二方面所述的引物组对所述基因组dna进行pcr扩增；对所述pcr扩增产物进行测序；根据测序碱基峰图结果确定所述草鱼于所述参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29945677处、19号染色体第29948389处和/或19号染色体第29948502处的基因型；根据所述基因型判断待选草鱼在体脂性状方面的育种价值，筛选出含有低脂优势基因型的草鱼个体。
6、一些实施例中，所述体脂性状包括体质量、体长、肥满度、脏体指数、腹脂指数、肝脂含量以及肌脂含量中的至少一项。
7、一些实施例中，于所述参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29945677处的基因型包括gg、ga和aa。其中，gg、ga和aa基因型个体的体质量依次增大。gg、ga和aa基因型个体的体长依次增大。gg、ga和aa基因型个体的肥满度依次降低。gg、ga和aa基因型个体的脏体指数依次降低。gg、ga和aa基因型个体的腹脂指数依次降低。aa基因型个体的肝脂含量低于gg和ga基因型。aa基因型个体的肌脂含量低于gg和ga基因型。综上，所述aa基因型为草鱼体脂性状优势基因型，可用于低脂草鱼筛选。
8、一些实施例中，于所述参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29948389处的基因型包括gg、gt和tt。其中，gg基因型个体的脏体指数低于gt和tt基因型。gg基因型个体的腹脂指数低于gt和tt基因型。gg、gt和tt基因型个体的肝脂含量依次增加。gg、gt和tt基因型个体的肌脂含量依次增加。综上，所述gg基因型为草鱼体脂性状优势基因型，可用于低脂草鱼筛选。
9、一些实施例中，于所述参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29948502处的基因型包括cc、ct和tt。其中，tt、ct和cc基因型个体的体质量依次增大。tt、ct和cc基因型个体的体长依次增大。cc基因型个体的肥满度低于ct和tt基因型。tt、ct和cc基因型个体的脏体指数依次降低。tt、ct和cc基因型个体的腹脂指数依次降低。tt、ct和cc基因型个体的肝脂含量依次降低。tt、ct和cc基因型个体的肌脂含量依次降低。综上，所述cc基因型为草鱼体脂性状优势基因型，可用于低脂草鱼筛选。
10、第五方面，实施例公开了第一方面所述的分子标记、第二方面所述的引物组或第三方面所述的试剂盒在筛选草鱼体脂性状优良个体、低脂草鱼品系分子辅助选择育种至少一项中的应用。
1.与草鱼体脂性状关联的分子标记，包括：
2.引物组，用于扩增包含如权利要求1所述的分子标记中3处发生单核苷酸突变位点的核苷酸序列，所述引物组包括：
3.根据权利要求2所述的引物组，利用如seq id no:1和2所示的dna分子扩增包含草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29945677处发生单核苷酸g>a突变形成的核苷酸序列。
4.根据权利要求2所述的引物组，利用如seq id no:3和4所示的dna分子扩增包含草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29948389处发生单核苷酸g>t突变形成的核苷酸序列以及草鱼参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29948502处发生单核苷酸c>t突变形成的核苷酸序列。
5.试剂盒，包括如权利要求2～4任一所述的引物组以及其他用于pcr扩增的试剂。
6.利用分子标记筛选草鱼体脂性状优良个体的方法，包括：
7.根据权利要求6所述的方法，所述体脂性状包括：体质量、体长、肥满度、脏体指数、腹脂指数、肝脂含量以及肌脂含量中的至少一项。
8.根据权利要求7所述的方法，于所述参考基因组gcf_019924925.1的19号染色体第29945677处的基因型包括gg、ga和aa，可选地，gg、ga和aa基因型个体的体质量依次增大，可选地，gg、ga和aa基因型个体的体长依次增大，可选地，gg、ga和aa基因型个体的肥满度依次降低，可选地，gg、ga和aa基因型个体的脏体指数依次降低，可选地，gg、ga和aa基因型个体的腹脂指数依次降低，可选地，aa基因型个体的肝脂含量低于gg和ga基因型，可选地，aa基因型个体的肌脂含量低于gg和ga基因型，可选地，aa基因型为草鱼体脂性状优势基因型，可用于低脂草鱼筛选。
9.权利要求1所述的分子标记、权利要求2～4任一所述的引物组或权利要求5所述的试剂盒在筛选草鱼体脂性状优良个体、低脂草鱼品系分子辅助选择育种至少一项中的应用。
