一种EGFRL858R突变位基因检测试剂盒及其应用

专利2025-11-19  2


本发明涉及分子生物学,特别涉及一种egfr l858r突变位基因检测试剂盒及其应用。


背景技术:

1、靶向治疗是肺癌精准诊疗的主要方式,其中靶向药表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(egfr-tkis)应用最广。针对该靶向药敏感及耐药基因突变位点进行高效诊断,科学使用该药物已成为肺癌患者靶向治疗的首选。目前临床检测egfr基因突变的方法主要是arms-pcr和二代测序技术,但这两种技术均不能满足早期、精准、低成本检测的需求。

2、arms-pcr法在技术上存在非特异性扩增、假阳性问题;二代测序技术虽然敏感性较高,但检测流程复杂,周期较长,对设备、人员、场地均有较高需求,同时由于价格较高,应用受到较大限制。因此,研发新的检测技术,克服非特异性扩增、假阳性问题,在降低检测成本的同时提高检测技术的可操作性及普适性,是目前egfr液态活检基因检测试剂盒研发的热点和难点。


技术实现思路

1、本发明所要解决的技术问题是提供一种egfr l858r突变位基因检测试剂盒及其应用,其针对现有技术的不足,借助恒温扩增技术与一步链置换探针偶联,通过链置换探针修饰荧光基团实现信号输出,将野生型基因序列和突变型基因序列有效区分。建立的新方法用于nsclc患者的早期筛查和指导靶向药物使用。

2、本发明所要解决的技术问题是通过以下技术方案来实现的:

3、一种egfr l858r突变位基因检测试剂盒,所述试剂盒包括lamp引物组和链置换探针,其中:

4、lamp引物组包括:一对外引物f3/b3、一对内引物fip/bip、一个环引物lp,其核苷酸序列如下:

5、外引物f3:5’-gcagccaggaacgtactg-3’(seq id no.1);

6、外引物b3:5’-atcctcccctgcatgtgt-3’ (seq id no.2);

7、内引物fip:5’-ttccgcacccagcagtttgggtgaaaacaccgcagcatg-3’ (seq idno.3);

8、内引物bip:5’-ggaggcaaagtaaggaggtggcacagctagtgggaaggca-3’ (seq idno.4);

9、环引物lp:5’-tttaggtcagccagcattttcc-3’ (seq id no.5);

10、链置换探针包括f链和q链,核苷酸序列如下:

11、f链:5’-gcccgcccaaaatctgtgatcttgacatgccga-3’ (seq id no.6),其核苷酸序列的3’端采用荧光基团修饰;

12、q链:5’ -tcggcatgtcaagatcacagattttg-3’(seq id no.7),其核苷酸序列的5’端采用淬灭集团修饰、3’端修饰反向dt的核酸序列。

13、优选地,上述技术方案中,所述f链3’端的荧光基团为6-fam;所述q链5’端的淬灭集团为bhq1。

14、优选地,上述技术方案中,lamp引物组的f3、b3、fip、bip、lp的质量比为1:1:4:4:2。

15、优选地,上述技术方案中,f链和q链的摩尔比为1:3。

16、优选地,上述技术方案中,所述试剂盒具体为:每25 μl反应体系中包含:2.0 μl外引物和内引物组成的引物预混液、2.0 μl的lp引物、2.0 μl dntps、0.5 μl的mg2+、1.125 μl链置换探针、5.0 μl甜菜碱、2.5 μl等温扩增缓冲液、1.0 μl bst 2.0 dna聚合酶、1 μlegfr基因模板7.875 μl去离子水。

17、优选地,上述技术方案中,链置换探针的f链浓度为1 μm,dntps的浓度为10 mm,mg2+的浓度为100 mm,甜菜碱的浓度为5 m,等温扩增缓冲液的浓度为10×,bst 2.0 dna聚合酶的浓度为8 u,egfr基因模板浓度为2×106 拷贝/μl。dntps包括datp、dctp、dgtp、dttp,四者质量配比为1:1:1:1。引物预混液包括5 μm外引物f3、5 μm外引物b3、20 μm内引物fip和20 μm内引物bip。等温扩增缓冲液由0.2 m tris、0.1 m (nh4)2so4、0 .5 m kcl、0.02 m mgso4和0.4g tween-20组成。

18、一种egfr l858r突变位基因检测试剂盒在非疾病目的非小细胞肺癌早期筛查和/或egfr-tkis靶向药物制备中的应用。

19、一种非疾病目的检测egfr l858r突变位基因的方法,所述方法采用恒温扩增技术,具体包括以下步骤:

20、(1)准备待测dna模板样本;

21、(2) 配制反应体系,反应体系中包含引物预混液、链置换探针、dntps、甜菜碱、等温扩增缓冲液、mg2+和bst 2.0 dna聚合酶;

22、(3)将待测样本加入反应体系中,在62℃下进行恒温扩增反应,时间维持60min;

23、(4)通过监测荧光信号的变化来判定egfr l858r突变位基因的存在。

24、优选地,上述技术方案中,步骤(2)中,扩增体系中,链置换探针的f链浓度为1 μm,dntps的浓度为10 mm,mg2+的浓度为100 mm,甜菜碱的浓度为5 m,等温扩增缓冲液的浓度为10×,bst 2.0 dna聚合酶的浓度为8 u、待测dna样本浓度为5 ng/μl。

25、本发明上述技术方案,具有如下有益效果:

26、本申请基于自主研发的精准分子诊断技术,拟借助改良的“环介导等温扩增-核酸分子线路”技术,利用新型引物设计法来减少非特异扩增、引入空白链段或错配修复来调整多重探针动力学、易程序化的逻辑线路来实现智能分析,获得兼具灵敏、快速、便携的egfr-tkis系列突变基因多重及智能检测新原理;结合临床样品分析,开发低成本、高效率、高精准的肺癌egfr液体活检基因检测试剂盒。



技术特征:

1.一种egfr l858r突变位基因检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括lamp引物组和链置换探针,其中:

2.根据权利要求1所述的egfr l858r突变位基因检测试剂盒,其特征在于,所述f链3’端的荧光基团为6-fam;所述q链5’端的淬灭集团为bhq1。

3.根据权利要求1所述的egfr l858r突变位基因检测试剂盒,其特征在于,lamp引物组的f3、b3、fip、bip、lp的质量比为1:1:4:4:2。

4.根据权利要求1所述的egfr l858r突变位基因检测试剂盒,其特征在于,f链和q链的摩尔比为1:3。

5.根据权利要求1所述的egfr l858r突变位基因检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒具体为:每25 μl反应体系中包含:2.0 μl外引物和内引物组成的引物预混液、2.0 μl的lp引物、2.0 μl dntps、0.5 μl的mg2+、1.125 μl链置换探针、5.0 μl甜菜碱、2.5 μl等温扩增缓冲液、1.0 μl bst 2.0 dna聚合酶、1 μl egfr基因模板、去离子水。

6.根据权利要求5所述的egfr l858r突变位基因检测试剂盒,其特征在于,链置换探针的f链浓度为1 μm,dntps的浓度为10 mm,mg2+的浓度为100 mm,甜菜碱的浓度为5 m,等温扩增缓冲液的浓度为10×,bst 2.0 dna聚合酶的浓度为8 u,egfr基因模板浓度为2×106 拷贝/μl;dntps包括datp、dctp、dgtp、dttp,四者质量配比为1:1:1:1;引物预混液包括5 μm外引物f3、5 μm外引物b3、20 μm内引物fip和20 μm内引物bip;等温扩增缓冲液由0.2 mtris、0.1 m (nh4)2so4、0.5 m kcl、0.02 m mgso4和0.4 g tween-20组成。

7.根据权利要求1-6任一项所述的egfr l858r突变位基因检测试剂盒在非疾病目的非小细胞肺癌早期筛查和/或egfr-tkis靶向药物制备中的应用。

8.一种非疾病目的检测egfr l858r突变位基因的方法,其特征在于,所述方法采用恒温扩增技术,具体包括以下步骤:

9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,步骤(2)中,扩增体系中,引物预混液包括5μm外引物f3、5 μm外引物b3、20 μm内引物fip和20 μm内引物bip,链置换探针的f链浓度为1μm,dntps的浓度为10 mm,mg2+的浓度为100 mm,甜菜碱的浓度为5 m,等温扩增缓冲液的浓度为10×,bst 2.0 dna聚合酶的浓度为8 u、待测dna样本浓度为5 ng/μl。


技术总结
本发明公开了一种EGFR L858R突变位基因检测试剂盒及其应用,属于分子生物学技术领域。试剂盒包括LAMP引物组和链置换探针,LAMP引物组包括:一对外引物F3/B3、一对内引物FIP/BIP、一个环引物LP;链置换探针包括F链和Q链,F链核苷酸序列的3’端采用荧光基团修饰,Q链核苷酸序列的5’端采用淬灭集团修饰。本申请拟借助改良的“环介导等温扩增‑核酸分子线路”技术,利用新型引物设计法来减少非特异扩增、引入空白链段或错配修复来调整多重探针动力学、易程序化的逻辑线路来实现智能分析,获得兼具灵敏、快速、便携的EGFR‑TKIs系列突变基因多+重及智能检测新原理;结合临床样品分析,开发低成本、高效率、高精准的肺癌EGFR液体活检基因检测试剂盒。

技术研发人员:姜艳芳,杜衍,李佳琦,胡欣彤,何佳雪,张晓军,陈立国
受保护的技术使用者:吉林大学第一医院
技术研发日:
技术公布日:2024/12/17
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