本发明属于分子标记,尤其涉及一种栗属植物的indel标记及其应用。
背景技术:
1、板栗原产于中国,是中国特有的经济林树种,分布广泛。由于板栗采用实生繁殖和嫁接繁殖,所以在自然界形成了庞大的实生变异群体,蕴藏有很多有价值的特色资源和优异类型。这些种质资源对生产栽培、新品种选育以及加工产品开发都有着重要的意义,而对这些种质资源的准确鉴别和多样性分析是对其利用与保护的基本前提。随着近些年高通量测序技术的普及,snp和indel新一代标记得以发展。其中indel标记被称作最有前景的dna分子标记,是一种特殊类型的二等位基因遗传标记,具有良好的稳定性和便于检测的特点,因此indel标记是一种更适合作为构建指纹图谱分子标记。基于多重pcr的靶向测序基因型检测(genotyping by target sequencing,gbts)技术的发展与成熟使得indel标记基因型的检测更为简便高效。目前indel标记已经在高粱、桑树、苹果等作物的种质资源特异性鉴定中得到应用,但在板栗中尚未见相关报道。
技术实现思路
1、鉴于此,本发明的目的在于提供一种栗属植物的indel标记及其应用。
2、为了实现上述发明目的,本发明提供了以下技术方案:
3、本发明提供了一种栗属植物的indel标记,所述indel标记的核苷酸序列如seq idno.1~seq id no.76所示。
4、本发明提供了一种检测上述indel标记的探针组合,所述探针组合的核苷酸序列如seq id no.77~seq id no.228所示。
5、优选的,所述探针组合的每条探针序列5’端标记有生物素。
6、本发明还提供了一种检测上述indel标记的检测体系,所述检测体系包括链霉亲和素包衣的磁珠和上述的探针组合。
7、本发明还提供了一种上述的探针组合或检测体系在鉴定栗属植物种质资源中的应用。
8、本发明还提供了一种上述的探针组合或检测体系在鉴定栗属植物种质资源indel标记的基因型中的应用,所述indel标记为核苷酸序列如seq id no.1~seq id no.76所示的indel标记。
9、本发明还提供了一种上述的探针组合或检测体系在栗属植物种质资源系谱分析和/或杂种鉴定中的应用。
10、本发明还提供了一种上述的探针组合或检测体系在栗属植物种质资源系统发育关系分析中的应用。
11、本发明还提供了一种上述的探针组合或检测体系在栗属植物遗传图谱构建与基因定位中的应用。
12、优选的,所述栗属植物包括板栗、茅栗、锥栗和日本栗中的一种或多种。
13、相对于现有技术,本发明具有如下有益效果:
14、本发明提供了一种栗属植物的indel标记及其应用。本发明通过高通量基因组测序数据技术开发了一种indel分子标记,可以通过gbts技术准确、简便地实现对indel基因型的检测,可为栗属植物种质资源特异性鉴别、系谱分析/杂交种鉴定、群体遗传分析、遗传连锁图谱构建、农艺性状基因定位和分子标记辅助选择育种等奠定基础。
1.一种栗属植物的indel标记,其特征在于,所述indel标记的核苷酸序列如seq idno.1~seq id no.76所示。
2.一种检测权利要求1所述indel标记的探针组合,其特征在于,所述探针组合的核苷酸序列如seq id no.77~seq id no.228所示。
3.根据权利要求2所述的探针组合,其特征在于,所述探针组合的每条探针序列5’端标记有生物素。
4.一种检测权利要求1所述indel标记的检测体系,其特征在于,所述检测体系包括链霉亲和素包衣的磁珠和权利要求2或3所述的探针组合。
5.一种权利要求2或3所述的探针组合或权利要求4所述的检测体系在鉴定栗属植物种质资源中的应用。
6.一种权利要求2或3所述的探针组合或权利要求4所述的检测体系在鉴定栗属植物种质资源indel标记的基因型中的应用,其特征在于,所述indel标记为权利要求1所述的indel标记。
7.一种权利要求2或3所述的探针组合或权利要求4所述的检测体系在栗属植物种质资源系谱分析和/或杂种鉴定中的应用。
8.一种权利要求2或3所述的探针组合或权利要求4所述的检测体系在栗属植物种质资源系统发育关系分析中的应用。
9.一种权利要求2或3所述的探针组合或权利要求4所述的检测体系在栗属植物遗传图谱构建与基因定位中的应用。
10.一种权利要求5~9任意一项所述的应用,其特征在于,所述栗属植物包括板栗、茅栗、锥栗和日本栗中的一种或多种。
