本发明涉及包含噬菌体的溶菌剂、包含该溶菌剂的植物病害防治组合物、以及植物病害防治方法。
背景技术：
1、噬菌体(bacteriophage)(在本说明书中，有时仅记载为“噬菌体(phage)”)是仅感染细菌的病毒的总称。被称为溶菌噬菌体的大多数的噬菌体特异性地吸附于作为宿主的靶细菌之后，注入自身的dna，利用细菌的翻译机制进行自我扩增。进一步，通过将该细菌溶菌而使扩增后的噬菌体扩散，反复进行对新的靶细菌的感染(非专利文献1)。
2、已知黄单胞菌(xanthomonas)属细菌大多数是以各种农作物为代表的植物病害的病原菌，作为一般的例行防治，使用了铜剂、抗生素。但是，由于药效、药害(phytotoxicity)、甚至成为菌群平衡失调的主要原因等的问题很多，因此，近年来应用了噬菌体的方法作为新的防治方法而备受关注(非专利文献2)。
3、对黄单胞菌属细菌显示出溶菌性的噬菌体例如有专利文献1～3及非专利文献2中记载的报告例。但是，由于噬菌体的宿主范围极其狭窄，因此，新的噬菌体的探索、溶菌活性更高的噬菌体的开发仍然很重要。
4、现有技术文献
5、专利文献
6、专利文献1：日本特开2016-32435号公报
7、专利文献2：日本特开2021-102635号公报
8、专利文献3：国际公开2017/113029号
9、非专利文献
10、非专利文献1：sharma s.et al.，folia microbiol.，2017，62：17-55
11、非专利文献2：nakayinga r.et al.，bmc microbiology，2021，21：291
技术实现思路
1、发明要解决的课题
2、为了解决上述课题，本发明人等着眼于噬菌体。与现有的铜剂、抗生素不同，作为病毒的噬菌体是天然物，到目前为止还没有关于药害的明显化的报告。另外，由于对于宿主的特异性非常高，因此，仅特定的属、种的细菌可成为靶标，对菌群平衡的影响极其有限。另外，不仅是以人为代表的动物，对于植物也是无害的，安全性高。
3、因此，为了抑制以黄单胞菌属细菌为原因的植物病害所导致的农作物受害，分离出了对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性的新的噬菌体。此外，本发明的课题在于提供以该噬菌体作为有效成分的组合物，而且使用该组合物应用于病害防治、病原细菌检测等。
4、解决课题的方法
5、本发明人等使用检测在培养了黄单胞菌属细菌的软琼脂培养基上形成的溶菌斑的方法，从天然的污水/土壤分离出新的噬菌体，评价该噬菌体对各种黄单胞菌属细菌的溶菌活性，并且分析了其基因组序列。其结果表明是具有新的基因组dna序列的噬菌体。本发明是基于上述研究开发结果而完成的，具体提供以下方式。
6、(1-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(a)～(c)中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因：(a)序列号1所示的氨基酸序列；(b)在序列号1所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列；(c)与序列号1所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列。
7、(1-2)根据(1-1)所述的溶菌剂，其中，序列号1所示的氨基酸序列为序列号2～4中任一者所示的氨基酸序列。
8、(1-3)根据(1-1)或(1-2)所述的溶菌剂，其中，上述基因包含以下的(d)～(f)中的任一者所示的碱基序列：(d)序列号5～7中的任一者所示的碱基序列；(e)在序列号5～7中的任一者所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(f)与序列号5～7中的任一者所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
9、(1-4)根据(1-1)～(1-3)中任一项所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(g)～(k)中的任一者所示的碱基序列：(g)序列号8～10中的任一者所示的碱基序列；(h)在序列号8～10中的任一者所示的碱基序列中，在上述(1-1)～(1-3)中任一项所述的基因碱基序列以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(i)与序列号8～10中的任一者所示的碱基序列中上述(1-1)～(1-3)中任一项所述的基因碱基序列以外的碱基序列具有80％以上的序列同一性的碱基序列；(i)在序列号8～10中的任一者所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(k)与序列号8～10中的任一者所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
10、(1-5)根据(1-1)～(1-4)中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
11、(1-6)根据(1-5)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为选自栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)、野油菜黄单胞菌(xanthomonas campestr is)、柑橘黄单胞菌(xanthomonas citri)、水稻黄单胞菌(xanthomonas oryzae)、以及瓜黄单胞菌(xanthomonas cucurbitae)中的至少一种细菌。
12、(2-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(a)或(b)中的任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因：(a)序列号11或45所示的氨基酸序列、(b)在序列号11所示的氨基酸序列中置换了278位及350位以外的1个氨基酸的氨基酸序列。
13、(2-2)根据(2-1)所述的溶菌剂，其中，上述基因包含序列号12或46所示的碱基序列。
14、(2-3)根据(2-1)或(2-2)所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(a)～(e)中的任一者所示的碱基序列：(a)序列号13、47或48所示的碱基序列；(b)在序列号13、47或48所示的碱基序列中，在上述(2-1)或(2-2)所述的基因碱基序列以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(c)与序列号13、47或48所示的碱基序列中除上述(2-1)或(2-2)所述的基因碱基序列以外的碱基序列具有98.5％以上的序列同一性的碱基序列；(d)在序列号13、47或48所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(e)与序列号13、47或48所示的碱基序列具有98.5％以上的序列同一性的碱基序列。
15、(2-4)根据(2-1)～(2-3)中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
16、(2-5)根据(2-4)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为选自栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)、野油菜黄单胞菌(xanthomonas campestr is)、柑橘黄单胞菌(xanthomonas citri)、水稻黄单胞菌(xanthomonas oryzae)及瓜黄单胞菌(xanthomonascucurbitae)中的至少一种细菌。
17、(3-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体具有包含以下的(a)～(c)中的任一者所示的碱基序列的基因组dna序列：(a)序列号14所示的碱基序列；(b)在序列号14所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(c)与序列号14所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
18、(3-2)根据(3-1)所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
19、(3-3)根据(3-2)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)。
20、(4-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(a)～(c)中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因：(a)序列号15所示的氨基酸序列；(b)在序列号15所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列；(c)与序列号15所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列。
21、(4-2)根据(4-1)所述的溶菌剂，其中，上述基因包含以下的(d)～(f)中的任一者所示的碱基序列：(d)序列号16所示的碱基序列；(e)在序列号16所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(f)与序列号16所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
22、(4-3)根据(4-1)或(4-2)所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(g)～(k)中的任一者所示的碱基序列：(g)序列号17所示的碱基序列；(h)在序列号17所示的碱基序列中，在上述(4-1)或(4-2)所述的基因碱基序列以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(i)与序列号17所示的碱基序列中除上述(4-1)或(4-2)所述的基因碱基序列以外的碱基序列具有80％以上的序列同一性的碱基序列；(i)在序列号17所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(k)与序列号17所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
23、(4-4)根据(4-1)～(4-3)中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
24、(4-5)根据(4-4)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)。
25、(5-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体具有包含以下的(a)～(c)中的任一者所示的碱基序列的基因组dna序列：(a)序列号18或19所示的碱基序列；(b)在序列号18或19所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(c)与序列号18或19所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
26、(5-2)根据(5-1)所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
27、(5-3)根据(5-2)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)。
28、(6-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含编码含有以下的(a)～(c)中任一者所示的氨基酸序列的蛋白质的基因：(a)序列号21所示的氨基酸序列；(b)在序列号21所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列；(c)与序列号21所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列。
29、(6-2)根据(6-1)所述的溶菌剂，其中，上述基因包含以下的(d)～(f)中的任一者所示的碱基序列：(d)序列号22所示的碱基序列；(e)在序列号22所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(f)与序列号22所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
30、(6-3)根据(6-1)或(6-2)所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(g)～(k)中的任一者所示的碱基序列：(g)序列号23所示的碱基序列；(h)在序列号23所示的碱基序列中，在上述(6-1)或(6-2)所述的基因以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(i)与序列号23所示的碱基序列中除上述(6-1)或(6-2)所述基因以外的碱基序列具有95％以上的序列同一性的碱基序列：(i)在序列号23所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(k)与序列号23所示的碱基序列具有95％以上的序列同一性的碱基序列。
31、(6-4)根据(6-1)～(6-3)中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
32、(6-5)根据(6-4)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)。
33、(7-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含：含有以下的(a)～(c)中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾管(tail tube)蛋白a的基因、以及含有以下的(d)～(f)中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白b的基因：(a)序列号24、49或60所示的氨基酸序列；(b)在序列号24或49所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列；(c)与序列号24或49所示的氨基酸序列具有97％以上的序列同一性的氨基酸序列；(d)序列号57、50或61所示的氨基酸序列；(e)在序列号57或50所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列；(f)与序列号57或50所示的氨基酸序列具有97％以上的序列同一性的氨基酸序列。
34、(7-2)根据(7-1)所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白a的基因包含以下的(g)～(i)中的任一者所示的碱基序列：(g)序列号26或51所示的碱基序列；(h)在序列号26或51所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(i)与序列号26或51所示的碱基序列具有97％以上的序列同一性的碱基序列。
35、(7-3)根据(7-1)或(7-2)所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白b的基因包含以下的(j)～(1)中的任一者所示的碱基序列：(j)序列号27或52所示的碱基序列；(k)在序列号27或52所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(l)与序列号27或52所示的碱基序列具有97％以上的序列同一性的碱基序列。
36、(7-4)根据(7-1)～(7-3)中任一项所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(m)～(q)中的任一者所示的碱基序列：(m)序列号28、29或53所示的碱基序列；(n)在序列号28、29或53所示的碱基序列中，在上述(7-1)～(7-3)中任一项所述的基因碱基序列以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或数个碱基的碱基序列；(o)与序列号28、29或53所示的碱基序列中除上述(7-1)～(7-3)中任一项所述基因以外的碱基序列具有95％以上的序列同一性的碱基序列：(p)在序列号28、29或53所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(q)在序列号28、29或53所示的碱基序列中具有95％以上的序列同一性的碱基序列。
37、(7-5)根据(7-1)～(7-4)中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
38、(7-6)根据(7-5)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)或野油菜黄单胞菌(xanthomonas campestris)。
39、(8-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，
40、所述噬菌体具有包含以下的(a)～(c)中的任一者所示的碱基序列的基因组dna序列：(a)序列号32～36中的任一者所示的碱基序列；(b)在序列号32～36中的任一者所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(c)与序列号32～36中的任一者所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
41、(8-2)根据(8-1)所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
42、(8-3)根据(8-2)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)。
43、(9-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含：含有以下的(a)～(c)中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白a的基因、以及含有以下的(d)～(f)中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白b的基因：(a)序列号37所示的氨基酸序列；(b)在序列号37所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列；(c)与序列号37所示的氨基酸序列具有92％以上的序列同一性的氨基酸序列；(d)序列号38、54或59所示的氨基酸序列；(e)在序列号38或54所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列；(f)与序列号38或54所示的氨基酸序列具有92％以上的序列同一性的氨基酸序列。
44、(9-2)根据(9-1)所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白a的基因包含以下的(g)～(i)中的任一者所示的碱基序列：(g)序列号39所示的碱基序列；(h)在序列号39所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(i)与序列号39所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
45、(9-3)根据(9-1)或(9-2)所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白b的基因包含以下的(j)～(l)中的任一者所示的碱基序列：(j)序列号40或55所示的碱基序列；(k)在序列号40或55所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(l)与序列号40或55所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
46、(9-4)根据(9-1)～(9-3)中任一项所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(m)～(q)中的任一者所示的碱基序列：(m)序列号41或56所示的碱基序列；(n)在序列号41或56所示的碱基序列中，在上述(9-1)～(9-3)中任一项所述的基因碱基序列以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或数个碱基的碱基序列；(o)与序列号41或56所示的碱基序列中除上述(9-1)～(9-3)中任一项所述基因以外的碱基序列具有80％以上的序列同一性的碱基序列：(p)在序列号41或56所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(q)与序列号41或56所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
47、(9-5)根据(9-1)～(9-4)中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
48、(9-6)根据(9-5)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为选自栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)、野油菜黄单胞菌(xanthomonas campestr is)及柑橘黄单胞菌(xanthomonas citri)中的至少一种细菌。
49、(10-1)一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(a)～(c)中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因：(a)序列号42所示的氨基酸序列；(b)在序列号42所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列；(c)与序列号42所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列。
50、(10-2)根据(10-1)所述的溶菌剂，其中，上述基因包含以下的(d)～(f)中的任一者所示的碱基序列：(d)序列号43所示的碱基序列；(e)在序列号43所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(f)与序列号43所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
51、(10-3)根据(10-1)或(10-2)所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(g)～(k)中的任一者所示的碱基序列：(g)序列号44所示的碱基序列；(h)在序列号44所示的碱基序列中，在上述(10-1)或(10-2)所述的基因碱基序列以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(i)与序列号44所示的碱基序列中除上述(10-1)或(10-2)所述基因碱基序列以外的碱基序列具有80％以上的序列同一性的碱基序列；(i)在序列号44所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列；(k)与序列号44所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
52、(10-4)根据(10-1)～(10-3)中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
53、(10-5)根据(10-4)所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为选自栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)、野油菜黄单胞菌(xanthomonas campe stris)及柑橘黄单胞菌(xanthomonas citri)中的至少一种细菌。
54、[1-1]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(a)～(d)中的任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因：(a)选自序列号11、45、42及1中的任一者所示的氨基酸序列、(b)在序列号42或1所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、(c)与序列号42或1所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列、或者(d)在序列号11所示的氨基酸序列中置换了278位及350位以外的1个氨基酸的氨基酸序列。
55、[1-2]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(e)～(g)中的任一者所示的氨基酸序列的基因、以及含有以下的(h)～(j)中的任一者所示的氨基酸序列的基因，其中，上述基因分别为编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白a的基因及编码尾管蛋白b的基因：(e)序列号24、49或60所示的氨基酸序列、(f)在序列号24或49所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、(g)与序列号24或49所示的氨基酸序列具有97％以上的序列同一性的氨基酸序列、(h)序列号57、50或61所示的氨基酸序列、(i)在序列号57或50所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、或者(j)与序列号57或50所示的氨基酸序列具有97％以上的序列同一性的氨基酸序列。
56、[1-3]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(k)～(m)中的任一者所示的氨基酸序列的基因、以及含有以下的(n)～(p)中的任一者所示的氨基酸序列的基因，其中，上述基因分别为编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白a的基因及编码尾管蛋白b的基因：(k)序列号37所示的氨基酸序列、(1)在序列号37所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、(m)与序列号37所示的氨基酸序列具有92％以上的序列同一性的氨基酸序列、(n)序列号38、54或59所示的氨基酸序列、(o)在序列号38或54所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、或者(p)与序列号38或54所示的氨基酸序列具有92％以上的序列同一性的氨基酸序列。
57、[1-4]根据[1-1]所述的溶菌剂，其中，上述序列号1所示的氨基酸序列为序列号2～4中任一者所示的氨基酸序列。
58、[1-5]根据[1-1]所述的溶菌剂，其中，上述基因包含以下的(1)～(3)中的任一者所示的碱基序列：(1)选自序列号12、46、43及5～7中任一者所示的碱基序列、(2)在选自序列号43及5～7中任一者所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(3)与选自序列号43及5～7中任一者所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
59、[1-6]根据[1-5]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(1’)～(7’)中的任一者所示的碱基序列：(1’)选自序列号13、47、48、44及8～10中任一者所示的碱基序列、(2’)在选自序列号13、47、48、44及8～10中任一者所示的碱基序列中，在[1-5]所述的上述基因以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、(3’)与选自序列号44及8～10中任一者所示的碱基序列中除[1-5]所述的上述基因以外的碱基序列具有80％以上的序列同一性的碱基序列、(4’)与序列号13、47或48所示的碱基序列中除[1-5]所述的上述基因以外的碱基序列具有98.5％以上的序列同一性的碱基序列、(5’)在选自序列号13、47、48、44及8～10中任一者所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(6’)与选自序列号44及8～10中任一者所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列、(7’)与序列号13、47或48所示的碱基序列具有98.5％以上的序列同一性的碱基序列。
60、[1-7]根据[1-2]所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白a的基因包含以下的(4)～(6)中的任一者所示的碱基序列：(4)序列号26或51所示的碱基序列、(5)在序列号26或51所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(6)与序列号26或51所示的碱基序列具有97％以上的序列同一性的碱基序列。
61、[1-8]根据[1-2]或[1-7]所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白b的基因包含以下的(7)～(9)中的任一者所示的碱基序列：(7)序列号27或52所示的碱基序列、(8)在序列号27或52所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(9)与序列号27或52所示的碱基序列具有97％以上的序列同一性的碱基序列。
62、[1-9]根据[1-2]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(8’)～(12’)中的任一者所示的碱基序列：(8’)序列号28、29或53所示的碱基序列、(9’)在序列号28、29或53所示的碱基序列中在[1-2]所述的上述基因以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或数个碱基的碱基序列、(10’)与序列号28、29或53所示的碱基序列中除[1-2]所述的上述基因以外的碱基序列具有95％以上的序列同一性的碱基序列、(11’)在序列号28、29或53所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(12’)与序列号28、29或53所示的碱基序列具有95％以上的序列同一性的碱基序列。
63、[1-10]根据[1-3]所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白a的基因包含以下的(10)～(12)中的任一者所示的碱基序列：(10)序列号39所示的碱基序列、(11)在序列号39所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(12)与序列号39所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
64、[1-11]根据[1-3]或[1-10]所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白b的基因包含以下的(13)～(15)中的任一者所示的碱基序列：(13)序列号40或55所示的碱基序列、(14)在序列号40或55所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(15)与序列号40或55所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
65、[1-12]根据[1-3]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(13’)～(17’)中的任一者所示的碱基序列：(13’)序列号41或56所示的碱基序列、(14’)在序列号41或56所示的碱基序列中在[1-3]所述的上述基因以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或数个碱基的碱基序列、(15’)与序列号41或56所示的碱基序列中除[1-3]所述的上述基因以外的碱基序列具有80％以上的序列同一性的碱基序列、(16’)在序列号41或56所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(17’)与序列号41或56所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
66、[1-13]根据[1-1]～[1-12]中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
67、[2-1]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(a)～(c)中的任一者所示的氨基酸序列的基因、以及含有以下的(d)～(f)中的任一者所示的氨基酸序列的基因，其中，上述基因分别为编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白a的基因及编码尾管蛋白b的基因：(a)序列号24、49或60所示的氨基酸序列、(b)在序列号24或49所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、(c)与序列号24或49所示的氨基酸序列具有97％以上的序列同一性的氨基酸序列、(d)序列号57、50或61所示的氨基酸序列、(e)在序列号57或50所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、或者(f)与序列号57或50所示的氨基酸序列具有97％以上的序列同一性的氨基酸序列。
68、[2-2]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(g)～(j)中的任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因：(g)选自序列号1、11、45、15及42中的任一者所示的氨基酸序列、(h)在选自序列号1、11、15及42中的任一者所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、(i)与选自序列号1、11、15及42中的任一者所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列、或者(j)在序列号11所示的氨基酸序列中置换了278位及350位以外的1个氨基酸的氨基酸序列。
69、[2-3]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(k)～(m)中的任一者所示的氨基酸序列的基因、以及含有以下的(n)～(p)中的任一者所示的氨基酸序列的基因，其中，上述基因分别为编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白a的基因及编码尾管蛋白b的基因：(k)序列号37所示的氨基酸序列、(l)在序列号37所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、(m)与序列号37所示的氨基酸序列具有92％以上的序列同一性的氨基酸序列、(n)序列号38、54或59所示的氨基酸序列、(o)在序列号38或54所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、或者(p)与序列号38或54所示的氨基酸序列具有92％以上的序列同一性的氨基酸序列。
70、[2-4]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含编码含有以下的(q)～(s)中的任一者所示的氨基酸序列的蛋白质的基因：(q)序列号21所示的氨基酸序列、(r)在序列号21所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、或者(s)与序列号21所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列。
71、[2-5]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体具有包含以下的(1’)～(3’)中的任一者所示的碱基序列的基因组dna序列：(1’)选自序列号14、18、19及32～36中的任一项所示的碱基序列、(2’)在选自序列号14、18、19及32～36中的任一项所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(3’)与选自序列号14、18、19及32～36中的任一项所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
72、[2-6]根据[2-1]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(4’)～(8’)中的任一者所示的碱基序列：(4’)序列号28、29或53所示的碱基序列、(5’)在序列号28、29或53所示的碱基序列中在[2-2]所述的上述基因以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或数个碱基的碱基序列、(6’)与序列号28、29或53所示的碱基序列中除[2-2]所述的上述基因以外的碱基序列具有95％以上的序列同一性的碱基序列、(7’)在序列号28、29或53所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(8’)在序列号28、29或53所示的碱基序列中具有95％以上的序列同一性的碱基序列。
73、[2-7]根据[2-1]～[2-6]中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
74、[3-1]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体具有包含以下的(1’)～(3’)中的任一者所示的碱基序列的基因组dna序列：(1’)选自序列号32～36、14、18及19中的任一者所示的碱基序列、(2’)在选自序列号32～36、14、18及19中的任一者所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(3’)与选自序列号32～36、14、18及19中的任一者所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
75、[3-2]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有以下的(a)～(c)中的任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因：(a)序列号15所示的氨基酸序列、(b)在序列号15所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、或者(c)与序列号15所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列。
76、[3-3]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含编码含有以下的(d)～(f)中的任一者所示的氨基酸序列的蛋白质的基因：(d)序列号21所示的氨基酸序列、(e)在序列号21所示的氨基酸序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个氨基酸的氨基酸序列、或者(f)与序列号21所示的氨基酸序列具有90％以上的序列同一性的氨基酸序列。
77、[3-4]根据[3-2]所述的溶菌剂，其中，上述基因包含以下的(1)～(3)中的任一者所示的碱基序列：(1)序列号16所示的碱基序列、(2)在序列号16所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(3)与序列号16所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
78、[3-5]根据[3-2]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(4’)～(8’)中的任一者所示的碱基序列：(4’)序列号17所示的碱基序列、(5’)在序列号17所示的碱基序列中[3-2]所述的上述基因以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、(6’)与序列号17所示的碱基序列中除[3-2]所述的上述基因以外的碱基序列具有80％以上的序列同一性的碱基序列、(7’)在序列号17所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(8’)与序列号17所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
79、[3-6]根据[3-3]所述的溶菌剂，其中，上述基因包含以下的(4)～(6)中任一者所示的碱基序列：(4)序列号22所示的碱基序列、(5)在序列号22所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或与(6)序列号22所示的碱基序列具有90％以上的序列同一性的碱基序列。
80、[3-7]根据[3-3]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含以下的(9’)～(13’)中的任一者所示的碱基序列：(9’)序列号23所示的碱基序列、(10’)在序列号23所示的碱基序列中[3-3]所述的上述基因以外的碱基序列添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、(11’)与序列号23所示的碱基序列中除[3-3]所述的上述基因以外的碱基序列具有95％以上的序列同一性的碱基序列、(12’)在序列号23所示的碱基序列中添加、缺失和/或置换了1个或多个碱基的碱基序列、或者(13’)与序列号23所示的碱基序列具有95％以上的序列同一性的碱基序列。
81、[3-8]根据[3-1]～[3-7]中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
82、[3-9]根据[3-8]所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌为栖树黄单胞菌(xanthomonas arboricola)。
83、[3-10]根据[3-9]所述的溶菌剂，其中，上述黄单胞菌属细菌的致病型为pruni。
84、[4-1]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有选自序列号42、11、45及15中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因。
85、[4-2]根据[4-1]所述的溶菌剂，其中，上述基因包含选自序列号43、12、46及16中任一者所示的碱基序列。
86、[4-3]根据[4-1]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含选自序列号44、13、47、48及17中任一者所示的碱基序列。
87、[4-4]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有序列号1所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾丝蛋白的基因。
88、[4-5]根据[4-4]所述的溶菌剂，其中，序列号1所示的氨基酸序列为序列号2～4中任一者所示的氨基酸序列。
89、[4-6]根据[4-4]所述的溶菌剂，其中，上述基因包含序列号5～7中的任一者所示的碱基序列。
90、[4-7]根据[4-4]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含序列号8～10中的任一者所示的碱基序列。
91、[4-8]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体具有包含选自序列号14、18、19及32～36中的任一项所示的碱基序列的基因组dna序列。
92、[4-9]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含编码含有序列号21所示的氨基酸序列的蛋白质的基因。
93、[4-10]根据[4-9]所述的溶菌剂，其中，上述基因包含序列号22所示的碱基序列。
94、[4-11]根据[4-9]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含序列号23所示的碱基序列。
95、[4-12]一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含含有序列号24、49或37所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白a的基因、以及含有选自序列号57、50、38、54及59中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌的识别活性的尾管蛋白b的基因。
96、[4-13]根据[4-12]所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白a的基因包含序列号26、51或39所示的碱基序列。
97、[4-14]根据[4-12]所述的溶菌剂，其中，编码上述尾管蛋白b的基因包含选自序列号27、52、40及55中的任一者所示的碱基序列。
98、[4-15]根据[4-12]所述的溶菌剂，其中，上述基因组dna的碱基序列包含选自序列号28、29、53或41中的任一者所示的碱基序列。
99、[4-16]根据[4-1]～[4-15]中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
100、<1>一种组合物，其包含一种以上的(1-1)～(10-5)、[1-1]～[4-16]中任一项所述的溶菌剂作为有效成分。
101、<2>一种组合物，其包含两种以上的(1-1)～(10-5)、[1-1]～[4-16]中任一项所述的溶菌剂作为有效成分。
102、<3>一种植物病害防治组合物，其包含<1>或<2>所述的组合物。
103、<4>根据<3>所述的植物病害防治组合物，其是以黄单胞菌属细菌为原因的植物病害的植物病害防治组合物。
104、<5>根据<3>或<4>所述的植物病害防治组合物，其包含对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性的其它噬菌体。
105、<6>一种植物病害防治方法，该方法包括：
106、接触工序，使<3>～<5>中任一项所述的植物病害防治组合物接触对象植物。
107、<7>一种黄单胞菌属细菌的鉴定方法，该方法包括：
108、培养工序，对从被植物病害侵害的植物组织分离得到的受试细菌进行培养而得到培养物；
109、混合工序，将上述培养物与(1-1)～(10-5)、[1-1]～[4-16]中任一项所述的溶菌剂进行混合而得到混合物；
110、混合物培养工序，在给定的条件下培养上述混合物；以及
111、判定工序，在上述混合物培养工序后受试细菌发生了溶菌时，判定上述受试细菌为黄单胞菌属细菌。
112、<8>根据<7>所述的方法，其中，在上述混合物培养工序中，上述混合物进一步包含含有软琼脂的液体培养基，将该混合物在固体培养基上进行培养。
113、<9>根据<7>所述的方法，其中，在上述培养工序中，上述培养物包含含有软琼脂的液体培养基，将该培养物在固体培养基上进行培养。
114、<10>根据<7>～<9>中任一项所述的方法，其在上述培养工序前进一步包括：
115、分离工序，从被植物病害侵害的植物组织分离受试细菌。
116、本说明书包含作为本技术的优先权的基础的日本专利申请号2022-059936号、2022-060143号、2022-060249号、2022-060441号、2022-060819号、2022-060822号、2022-060887号、2022-060909号、2022-061075号、2022-156882号、2022-156972号、2022-157086号、2023-041699号、2023-041776号、2023-041784号、2023-041827号的公开内容。
117、发明的效果
118、根据本发明的溶菌剂及包含其作为有效成分的组合物，能够将特定的靶细菌溶菌。
119、根据本发明的植物病害防治组合物，能够预防并抑制以特定的靶细菌作为原因的病害。
1.一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含：含有选自序列号42、11、45及15中任一者所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌识别活性的尾丝蛋白的基因。
2.根据权利要求1所述的溶菌剂，其中，
3.根据权利要求1所述的溶菌剂，其中，
4.一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含：含有序列号1所示的氨基酸序列、且编码具有靶细菌识别活性的尾丝蛋白的基因。
5.根据权利要求4所述的溶菌剂，其中，
6.根据权利要求4所述的溶菌剂，其中，
7.根据权利要求4所述的溶菌剂，其中，
8.一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体具有基因组dna序列，所述基因组dna序列包含选自序列号14、18、19及32～36中的任一项所示的碱基序列。
9.一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含编码含有序列号21所示的氨基酸序列的蛋白质的基因。
10.根据权利要求9所述的溶菌剂，其中，
11.根据权利要求9所述的溶菌剂，其中，
12.一种溶菌剂，其包含噬菌体，所述噬菌体在基因组dna中包含：
13.根据权利要求12所述的溶菌剂，其中，
14.根据权利要求12所述的溶菌剂，其中，
15.根据权利要求12所述的溶菌剂，其中，
16.根据权利要求1～15中任一项所述的溶菌剂，其对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性。
17.一种组合物，其包含权利要求16所述的溶菌剂作为有效成分。
18.一种植物病害防治组合物，其包含权利要求17所述的组合物。
19.根据权利要求18所述的植物病害防治组合物，其是以黄单胞菌属细菌为原因的植物病害的植物病害防治组合物。
20.根据权利要求18所述的植物病害防治组合物，其包含对黄单胞菌属细菌显示出溶菌活性的其它噬菌体。
21.一种植物病害防治方法，该方法包括：
22.一种黄单胞菌属细菌的鉴定方法，该方法包括：
23.根据权利要求22所述的方法，其中，
24.根据权利要求22所述的方法，其中，
25.根据权利要求22～24中任一项所述的方法，其在所述培养工序前进一步包括：
