核酸组合产品及生物样本DNA中短串联重复片段的检测方法与流程

专利2026-05-17  11


本技术属于辅助生殖,特别涉及一种核酸组合产品及生物样本dna中短串联重复片段的检测方法。


背景技术:

1、辅助生殖技术是解决不孕不育的有效临床技术,根据《reproductive biologyand endocrinology》的统计,目前超过20%的不孕不育夫妻必须通过辅助生殖技术治疗。提高辅助生殖的出生率一直是辅助生殖医学领域面临的挑战。辅助生殖过程中挑选优良的胚胎进行移植是提高出生率的有效方法。

2、目前胚胎植入前dna甲基化检测技术是新一代的胚胎筛选方法,该方法基于表观遗传学原理,采用二代测序技术,对胚胎的染色体拷贝数变异信息和dna甲基化修饰信息进行评估,从而筛选发育潜能高的胚胎进行移植。临床数据显示该技术能够显著的提高辅助生殖的出生率,降低出生缺陷。在辅助生殖过程中,部分胚胎在体外培养过程中,出现三倍体的情况,即胚胎有69条染色体(正常胚胎为二倍体,46条染色体)。

3、此外,临床研究发现,部分进行辅助生殖治疗的夫妇,在胚胎移植后出现了流产情况,通过对流产组织进行染色体拷贝数变异检测,发现流产组织得出的染色体拷贝数信息和胚胎植入前对胚胎检测得到的染色体拷贝数信息不一致。导致这种情况的原因有以下几种:1.该胚胎在移植后的发育中出现了拷贝数的变异情况;2.胚胎移植时,编号错误,导致移植错误的胚胎到子宫内;3.胚胎移植后,夫妇发生同房,所流产的胚胎,并非来自移植的胚胎。针对上述情况,需要对流产的胚胎进行溯源。

4、然而,目前胚胎植入前dna甲基化检测技术无法对三倍体的情况进行检测。胚胎植入前dna甲基化检测需要活检6-8个囊胚的滋养层细胞,得到的dna量约40pg。由于目前的单细胞扩增技术,扩增后的dna会丢失甲基化修饰信息,因此胚胎植入前dna甲基化检测无法使用现有的单细胞扩增技术对起始的dna进行扩增,以扩大dna的模板量。

5、有鉴于此,特提出本技术。


技术实现思路

1、本技术一个或者多个实施例提供一种核酸组合产品及生物样本dna中短串联重复片段的检测方法。包括如下技术方案:

2、本技术的一个或者多个实施例提供一种核酸组合产品,所述核酸组合产品包括如下引物对中的一对或者多对:

3、序列如seq id no.1至seq id no.18所示的引物对m1-1、引物对m1-2、引物对m1-3、引物对m1-4、引物对m1-5、引物对m1-6、引物对m2-1、引物对m2-3和引物对m2-4,

4、序列如seq id no.21至seq id no.38所示的引物对m3-1、引物对m3-2、引物对m3-3、引物对m3-4、引物对m3-5、引物对m3-6、引物对m4-1、引物对m4-2和引物对m4-4,

5、序列如seq id no.45至seq id no.46所示的引物对m8-3,

6、序列如seq id no.63至seq id no.66所示的引物对m4-3和引物对m2-2,

7、序列如seq id no.73至seq id no.76所示的引物对m9-4和引物对m9-5,

8、序列如seq id no.81至seq id no.82所示的引物对m9-9,

9、序列如seq id no.85至seq id no.102所示的引物对m10-1、引物对m10-2、引物对m10-3、引物对m10-4、引物对m10-6、引物对m10-8、引物对m10-9、引物对m10-10、引物对m10-12。

10、在本技术的一些实施方式中,所述核酸组合产品还包括如下引物对中的一对或者多对:

11、序列如seq id no.19至seq id no.20所示的引物对m2-5,

12、序列如seq id no.39至seq id no.44所示的引物对m5-1、引物对m5-2和引物对m5-4,

13、序列如seq id no.47至seq id no.62所示的引物对m6-1、引物对m6-2、引物对m6-3、引物对m7-1、引物对m7-2、引物对m7-3、引物对m7-4和引物对m7-5,

14、序列如seq id no.67至seq id no.72所示的引物对m9-1、引物对m9-2和引物对m9-3,

15、序列如seq id no.77至seq id no.80所示的引物对m9-6和引物对9-7,

16、序列如seq id no.83至seq id no.84所示的引物对m9-11,

17、序列如seq id no.103至seq id no.104所示的引物对m10-13。

18、在本技术的一些实施方式中,所述核酸组合产品中所述引物对的数量为18对-52对。

19、在本技术的一些实施方式中,所述引物对中的至少一条引物标记有荧光基团;

20、可选地,每条引物上标记的所述荧光基团各自独立地为6-fam、rox、hex或者tamra。

21、本技术的一个或者多个实施例还提供一种检测试剂盒,所述检测试剂盒包括所述的核酸组合产品。

22、在本技术的一些实施方式中,所述检测试剂盒还包括str pcr反应试剂。

23、本技术的一个或者多个实施例又提供一种生物样本dna中短串联重复片段的检测方法,所述检测方法包括采用所述的核酸组合产品或者所述的检测试剂盒对待测生物样本dna中短串联重复片段进行检测的步骤。

24、在本技术的一些实施方式中,所述检测方法包括如下步骤:

25、提取所述待测生物样本的dna,dna片段化处理,全基因组扩增,制备扩增产物;

26、以所述扩增产物为模板,采用所述核酸组合产品进行str pcr扩增,根据所得strpcr扩增结果确定所述待测生物样本的dna中短串联重复片段的情况。

27、在本技术的一些实施方式中,str pcr扩增的反应初始体系中,

28、所述的引物对m1-1、引物对m1-2、引物对m1-3、引物对m1-4、引物对m1-5、引物对m1-6、引物对m4-1、引物对m4-2和引物对m4-4的摩尔比为10±1.0:2.5±1.0:5±1.0:5±1.0:5±1.0:15±1.0:15±1.0:5±1.0:12.5±1.0,

29、所述的引物对m2-1、引物对m2-3、引物对m2-4、引物对m2-5、引物对m3-1、引物对m3-2、引物对m3-3、引物对m3-4、引物对m3-5和引物对m3-6的摩尔比为5±1.0:15±1.0:2.5±1.0:30±1.0:2.5±1.0:5±1.0:10±1.0:15±1.0:12.5±1.0:5±1.0,

30、所述的引物对m5-1、引物对m8-3、引物对m4-3和引物对m2-2的摩尔比为5±1.0:37.5±1.0:25±1.0:12.5±1.0,

31、所述的引物对m6-1、引物对m6-2、引物对m6-3、引物对m7-1、引物对m7-2、引物对m7-3、引物对m7-4、引物对m7-5、引物对m10-6、引物对m10-4、引物对m10-2和引物对m10-1的摩尔比为5±1.0:15±1.0:37.5±1.0:5±1.0:7.5±1.0:8.75±1.0:50±1.0:50±1.0:10±1.0:10±1.0:15±1.0:10±1.0,

32、所述的引物对m9-11、引物对m9-3、引物对m9-2、引物对m9-7、引物对m9-9和引物对m10-12的摩尔比为10±1.0:2.5±1.0:10±1.0:5±1.0:25±1.0:37.5±1.0,

33、所述的引物对m9-6、引物对m9-1和引物对m5-2的摩尔比为10±1.0:10±1.0:10±1.0,

34、所述的引物对m9-4、引物对m9-5和引物对m5-4的摩尔比为10±1.0:10±1.0:10±1.0,

35、所述的引物对m10-8、引物对m10-10、引物对m10-3、引物对m10-9和引物对m10-13的摩尔比为10±1.0:10±1.0:10±1.0:5±1.0:15±1.0;

36、每对所述引物对中,正向引物和反向引物的摩尔比为1±0.5:1±0.5。

37、在本技术的一些实施方式中,所述待测生物样本为细胞样本和血液样本;可选地,所述细胞样本中细胞的数量为2个-10个。

38、在本技术的一些实施方式中,所述待测生物样本来自植入前胚胎;可选地,所述待测生物样本来自滋养层。

39、本技术的一个或多个实施例细节在下面的描述中提出,本技术的其他特征、目的和优点将从说明书及其权利要求书变得明显。


技术特征:

1.核酸组合产品,其特征在于,所述核酸组合产品包括如下引物对中的一对或者多对:

2.根据权利要求1所述的核酸组合产品,其特征在于,所述核酸组合产品还包括如下引物对中的一对或者多对:

3.根据权利要求1至2中任一项所述的核酸组合产品,其特征在于,所述核酸组合产品中所述引物对的数量为18对-52对。

4.根据权利要求1至2中任一项所述的核酸组合产品,其特征在于,所述引物对中的至少一条引物标记有荧光基团;

5.一种检测试剂盒,其特征在于,所述检测试剂盒包括权利要求1至4中任一项所述的核酸组合产品;

6.一种生物样本dna中短串联重复片段的检测方法,其特征在于,所述检测方法包括采用权利要求1至4中任一项所述的核酸组合产品或者权利要求5所述的检测试剂盒对待测生物样本dna中短串联重复片段进行检测的步骤。

7.根据权利要求6所述的生物样本dna中短串联重复片段的检测方法,其特征在于,所述检测方法包括如下步骤:

8.根据权利要求7所述的生物样本dna中短串联重复片段的检测方法,其特征在于,strpcr扩增的反应初始体系中,

9.根据权利要求6至8中任一项所述的生物样本dna中短串联重复片段的检测方法,其特征在于,所述待测生物样本为细胞样本和血液样本;

10.根据权利要求6至8中任一项所述的生物样本dna中短串联重复片段的检测方法,其特征在于,所述待测生物样本来自植入前胚胎;


技术总结
本申请属于辅助生殖技术领域的一种核酸组合产品及生物样本DNA中短串联重复片段的检测方法。该核酸组合产品包括如下引物对中的一对或多对:序列如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.18、SEQ ID NO.21至SEQ ID NO.38、SEQ ID NO.45至SEQ ID NO.46、SEQ ID NO.63至SEQ ID NO.66、SEQ ID NO.73至SEQ ID NO.76、SEQ ID NO.81至SEQ ID NO.82、SEQ ID NO.85至SEQ ID NO.102所示的引物对。该核酸组合产品能检测Amelogenin等33个STR位点中的一个或多个,为植入前胚胎的整倍体检测提供方案,同时能够对流产胚胎进行溯源。

技术研发人员:姚雪龙,陈思宇
受保护的技术使用者:广州女娲生命科技有限公司
技术研发日:
技术公布日:2024/12/17
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