本公开涉及分子生物学，且更确切地说，涉及嵌合受体、同种异体细胞组合物、其制备方法和使用方法。序列表以引用的方式并入2019年9月5日创建且大小为55.7mb的名为“poth-046_001wo_sequencelisfing.txt”的文件的内容特此以全文引用的方式并入。
背景技术：
1、在所属领域中一直存在对同种异体细胞组合物的长期但未满足的需求，所述组合物克服了通过消除涉及移植物抗宿主反应和宿主抗移植物反应的基因而提出的挑战。本公开提供了同种异体细胞组合物、制备这些组合物的方法和使用这些组合物的方法，其包含非天然存在的结构改进以恢复同种异体细胞对环境刺激的反应性以及减少或预防自然杀伤细胞介导的细胞毒性的排斥反应。
技术实现思路
1、本公开提供一种非天然存在的嵌合刺激受体(csr)，其包含：(a)包含活化成分的胞外域，其中所述活化成分分离或衍生自第一蛋白质；(b)跨膜域；以及(c)包含至少一个信号转导域的胞内域，其中所述至少一个信号转导域分离或衍生自第二蛋白质；其中所述第一蛋白质和所述第二蛋白质不相同。
2、活化成分可包含t细胞受体(tcr)的成分、tcr复合物的成分、tcr共受体的成分、tcr共刺激蛋白的成分、tcr抑制蛋白的成分、细胞因子受体、和活化成分的激动剂所结合的趋化因子受体中的一种或多种的一部分。活化成分可包含激动剂所结合的cd2细胞外域或其部分。
3、信号转导域可包含以下中的一种或多种：人类信号转导域的成分、t细胞受体(tcr)、tcr复合物的成分、tcr共受体的成分、tcr共刺激蛋白的成分、tcr抑制蛋白的成分、细胞因子受体和趋化因子受体。信号转导域可包含cd3蛋白或其部分。cd3蛋白可包含cd3ζ蛋白或其部分。
4、胞内域可进一步包含细胞质域。细胞质域可分离或衍生自第三蛋白质。第一蛋白质和第三蛋白质可为相同的。胞外域可进一步包含信号肽。信号肽可衍生自第四蛋白质。第一蛋白质和第四蛋白质可为相同的。跨膜域可分离或衍生自第五蛋白质。第一蛋白质和第五蛋白质可为相同的。
5、在一些方面，活化成分不结合天然存在的分子。在一些方面，活化成分结合天然存在的分子，但csr在活化成分与天然存在的分子结合后不转导信号。在一些方面，活化成分与非天然存在的分子结合。在一些方面，活化成分不结合天然存在的分子，但结合非天然存在的分子。csr可在活化成分与非天然存在的分子结合后选择性地转导信号。
6、在优选方面，本公开提供非天然存在的嵌合刺激受体(csr)，其包含：(a)包含信号肽和活化成分的胞外域，其中信号肽包含cd2信号肽或其部分且其中活化成分包含激动剂所结合的cd2细胞外域或其部分；(b)跨膜域，其中跨膜域包含cd2跨膜域或其部分；以及(c)包含细胞质域和至少一个信号转导域的胞内域，其中细胞质域包含cd2细胞质域或其部分，且其中至少一个信号转导域包含cd3ζ蛋白或其部分。在一些方面，非天然csr包含与seq idno：17062具有至少80％、至少90％、至少95％或至少99％一致性的氨基酸序列。在优选方面，非天然存在的csr包含seq id no：17062的氨基酸序列。
7、本公开还提供非天然存在的嵌合刺激受体(csr)，其中胞外域包含修饰。当相比于活化成分或第一蛋白质的野生型序列时，修饰可包含活化成分或第一蛋白质的氨基酸序列的突变或截短。活化成分的氨基酸序列的突变或截短可包含激动剂所结合的cd2细胞外域或其部分的突变或截短。cd2细胞外域的突变或截短可减少或消除与天然存在的cd58的结合。在一些方面，包含突变或截短的cd2细胞外域包含与seq id no：17119具有至少80％、至少90％、至少95％或至少99％一致性的氨基酸序列。在优选方面，包含突变或截短的cd2细胞外域包含seq id no：17119的氨基酸序列。
8、在优选方面，本公开提供非天然存在的嵌合刺激受体(csr)，其包含：(a)包含信号肽和活化成分的胞外域，其中信号肽包含cd2信号肽或其部分，且其中活化成分包含激动剂所结合的cd2细胞外域或其部分，且其中激动剂所结合的cd2细胞外域或其部分包含突变或截短；(b)跨膜域，其中跨膜域包含cd2跨膜域或其部分；以及(c)包含细胞质域和至少一个信号转导域的胞内域，其中细胞质域包含cd2细胞质域或其部分，且其中至少一个信号转导域包含cd3ζ蛋白或其部分。在一些方面，非天然csr包含与seq id no：17118具有至少80％、至少90％、至少95％或至少99％一致性的氨基酸序列。在优选方面，非天然存在的csr包含seq id no：17118的氨基酸序列。
9、本公开提供编码本文所公开的任何csr的核酸序列。本公开提供一种载体，其包含编码本文所公开的任何csr的核酸序列。本公开提供一种转座子，其包含编码本文所公开的任何csr的核酸序列。
10、本公开提供包含本文所公开的任何csr的细胞。本公开提供一种细胞，其包含编码本文所公开的任何csr的核酸序列。本公开提供一种包含载体的细胞，所述载体包含编码本文所公开的任何csr的核酸序列。本公开提供一种包含转座子的细胞，所述转座子包含编码本文所公开的任何csr的核酸序列。
11、本文所公开的修饰的细胞可为同种异体细胞或自体细胞。在一些优选方面，修饰的细胞为同种异体细胞。在一些优选方面，修饰的细胞为同种异体t细胞或修饰的同种异体cart细胞。
12、本公开提供包含本文所公开的任何csr的组合物。本公开提供一种组合物，其包含编码本文所公开的任何csr的核酸序列。本公开提供一种包含载体的组合物，所述载体包含编码本文所公开的任何csr的核酸序列。本公开提供一种包含转座子的组合物，所述转座子包含编码本文所公开的任何csr的核酸序列。本公开提供包含本文所公开的修饰的细胞的组合物或包含多个本文所公开的修饰的细胞的组合物。
13、本公开提供修饰的t淋巴细胞(t细胞)，其包含：(a)编码t细胞受体(tcr)的内源序列的修饰，其中所述修饰降低或消除了tcr的表达或活性水平；和(b)嵌合刺激受体(csr)，所述嵌合刺激受体包含：(i)包含活化成分的胞外域，其中活化成分分离或衍生自第一蛋白质；(ii)跨膜域；以及(iii)包含至少一个信号转导域的胞内域，其中至少一个信号转导域分离或衍生自第二蛋白质；其中第一蛋白质和第二蛋白质不相同。
14、修饰的t细胞可进一步包含诱导型促凋亡多肽。修饰的t细胞可进一步包含编码β-2微球蛋白(b2m)的内源序列的修饰，其中所述修饰降低或消除了主要组织相容性复合体(mhc)i类(mhc-i)的表达或活性水平。
15、修饰的t细胞可进一步包含非天然存在的多肽，其包含hla i类组织相容性抗原，α链e(hla-e)多肽。包含hla-e多肽的非天然存在的多肽可进一步包含b2m信号肽。包含hla-e多肽的非天然存在的多肽可进一步包含b2m多肽。包含hla-e多肽的非天然存在的多肽可进一步包含连接子，其中连接子定位于b2m多肽与hla-e多肽之间。包含hla-e多肽的非天然存在的多肽可进一步包含肽和b2m多肽。包含hla-e的非天然存在的多肽可进一步包含定位于b2m信号肽与肽之间的第一连接子，和定位于b2m多肽与编码hla-e的肽之间的第二连接子。
16、修饰的t细胞可进一步包含非天然存在的抗原受体、编码治疗性多肽的序列或其组合。非天然存在的抗原受体可包含嵌合抗原受体(car)。
17、csr可在修饰的t细胞中瞬时表达。csr可在修饰的t细胞中稳定表达。包含hla-e多肽的多肽可在修饰的t细胞中瞬时表达。包含hla-e多肽的多肽可在修饰的t细胞中稳定表达。诱导型促凋亡多肽可在修饰的t细胞中瞬时表达。诱导型促凋亡多肽可在修饰的t细胞中稳定表达。非天然存在的抗原受体或编码治疗蛋白的序列可在修饰的t细胞中瞬时表达。非天然存在的抗原受体或编码治疗蛋白的序列可在修饰的t细胞中稳定表达。
18、修饰的t细胞可为自体细胞。修饰的t细胞可为同种异体细胞。修饰的t细胞可为早期记忆t细胞、干细胞样t细胞、干记忆t细胞(tscm)、中枢记忆t细胞(tcm)或干细胞样t细胞。
19、本公开提供包含本文所公开的任何修饰的t细胞的组合物。本公开还提供包含修饰的t淋巴细胞(t细胞)群体的组合物，其中所述群体的多个修饰的t细胞包含本文所公开的csr。本公开还提供包含t淋巴细胞(t细胞)群体的组合物，其中所述群体的多个t细胞包含本文所公开的修饰的t细胞。
20、本公开提供治疗疾病或病症的方法，其包含向有需要的个体施用治疗有效量的本文所公开的任何组合物；或用于治疗疾病或病症的组合物。在一个方面，组合物为如本文所公开的修饰的t细胞或修饰的t细胞群体。本公开还提供一种治疗疾病或病症的方法，其包含向有需要的个体施用治疗有效量本文所公开的组合物和至少一种结合csr的非天然存在的分子。
21、本公开提供产生修饰的t细胞群体的方法，其包含以下者、基本上由以下者组成或由以下者组成：向多个初生人类t细胞中引入包含本公开的csr或编码其的序列的组合物，以在稳定表达多个修饰的t细胞内的csr且保留多个修饰的t细胞的所需干样特性的条件下产生多个修饰的t细胞。本公开提供包含通过所述方法产生的修饰的t细胞群体的组合物。在一些方面，至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的包含csr的群体表现干记忆t细胞(tscm)或tscm样细胞的一个或多个细胞表面标记物；且其中一个或多个细胞表面标记物包含cd45ra和cd62l。在一些方面，至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的所述群体表现中枢记忆t细胞(tcm)或tcm样细胞的一个或多个细胞表面标记物；且其中一个或多个细胞表面标记物包含cd45ro和cd62l。组合物可用于治疗疾病或病症。本公开还提供通过所述方法产生的组合物用于治疗疾病或病症的用途。本公开还提供治疗疾病或病症的方法，其包含向有需要的个体施用治疗有效量的通过所述方法产生的组合物。治疗方法可进一步包含向个体施用活化剂组合物以在体内活化修饰的t细胞群体、以在体内诱导修饰的t细胞群体的细胞分裂、或其组合。
22、本公开提供产生修饰的t细胞群体的方法，其包含以下者、基本上由以下者组成或由以下者组成：向多个初生人类t细胞中引入包含本公开的csr或编码其的序列的组合物，以在瞬时表达多个修饰的t细胞内的csr且保留多个修饰的t细胞的所需干样特性的条件下产生多个修饰的t细胞。本公开提供包含通过所述方法产生的修饰的t细胞群体的组合物。在一些方面，至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的包含csr的群体表现干记忆t细胞(tscm)或tscm样细胞的一个或多个细胞表面标记物；且其中一个或多个细胞表面标记物包含cd45ra和cd62l。在一些方面，至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的所述群体表现中枢记忆t细胞(tcm)或tcm样细胞的一个或多个细胞表面标记物；且其中一个或多个细胞表面标记物包含cd45ro和cd62l。组合物可用于治疗疾病或病症。本公开还提供通过所述方法产生的组合物用于治疗疾病或病症的用途。本公开还提供治疗疾病或病症的方法，其包含向有需要的个体施用治疗有效量的通过所述方法产生的组合物。在一些方面，向个体施用的修饰的t细胞群体内的修饰的t细胞不再表达csr。
23、本公开提供扩增修饰的t细胞群体的方法，其包含向多个初生人类t细胞中引入包含本公开的csr或编码其的序列的组合物，以在稳定表达多个修饰的t细胞内的csr且保留多个修饰的t细胞的所需干样特性的条件下产生多个修饰的t细胞，且使所述细胞与活化剂组合物接触以产生多个活化的修饰的t细胞，其中多个修饰的t细胞的扩增比不稳定表达csr的多个野生型t细胞在相同条件下的扩增高至少两倍。在一些方面，至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的包含csr的群体表现干记忆t细胞(tscm)或tscm样细胞的一个或多个细胞表面标记物；且其中一个或多个细胞表面标记物包含cd45ra和cd62l。在一些方面，至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的所述群体表现中枢记忆t细胞(tcm)或tcm样细胞的一个或多个细胞表面标记物；且其中一个或多个细胞表面标记物包含cd45ro和cd62l。本公开提供包含通过所述方法扩增的修饰的t细胞群体的组合物。组合物可用于治疗疾病或病症。本公开还提供通过所述方法扩增的组合物用于治疗疾病或病症的用途。本公开还提供治疗疾病或病症的方法，其包含向有需要的个体施用治疗有效量的通过所述方法扩增的组合物。治疗方法可进一步包含向个体施用活化剂组合物以在体内活化修饰的t细胞群体、以在体内诱导修饰的t细胞群体的细胞分裂、或其组合。
24、本公开提供扩增修饰的t细胞群体的方法，其包含向多个初生人类t细胞中引入包含本公开的csr或编码其的序列的组合物，以在瞬时表达多个修饰的t细胞内的csr且保留多个修饰的t细胞的所需干样特性的条件下产生多个修饰的t细胞，且使所述细胞与活化剂组合物接触以产生多个活化的修饰的t细胞，其中多个修饰的t细胞的扩增比不瞬时表达csr的多个野生型t细胞在相同条件下的扩增高至少两倍。本公开提供包含通过所述方法扩增的修饰的t细胞群体的组合物。在一些方面，至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的包含csr的群体表现干记忆t细胞(tscm)或tscm样细胞的一个或多个细胞表面标记物；且其中一个或多个细胞表面标记物包含cd45ra和cd62l。在一些方面，至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的所述群体表现中枢记忆t细胞(tcm)或tcm样细胞的一个或多个细胞表面标记物；且其中一个或多个细胞表面标记物包含cd45ro和cd62l。组合物可用于治疗疾病或病症。本公开还提供通过所述方法扩增的组合物用于治疗疾病或病症的用途。本公开还提供治疗疾病或病症的方法，其包含向有需要的个体施用治疗有效量的通过所述方法扩增的组合物。在一些方面，向个体施用的修饰的t细胞群体内的修饰的t细胞不再表达csr。
25、以上方面中的任一个可与任何其它方面组合。
26、除非另外定义，否则本文所用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的技术人员通常所理解相同的含义。除非上下文另外明确规定，否则在说明书中，单数形式也包括复数；举例来说，术语“一(a/an)”和“所述”应理解为单数或复数，且术语“或”应理解为包括性的。举例来说，“一个元件”意指一个或多个元件。在整个本说明书中，词语“包含(comprising)”或变化形式，如“包含(comprises或comprising)”将理解为暗示包括所陈述的元件、整数或步骤，或元件、整数或步骤的群组，但不排除任何其它元件、整数或步骤，或元件、整数或步骤的群组。约可理解为在陈述值的10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％或0.01％内。除非上下文另有明确说明，否则本文中所提供的所有数值均由术语“约”修饰。
27、尽管在本公开的实践或测试中可使用与本文所描述的方法和材料类似或等效的方法和材料，但下文描述合适的方法和材料。本文提及的所有公开案、专利申请、专利和其它参考文献都以全文引用的方式并入。不承认本文中所引用的参考文献是所要求的发明的现有技术。在有冲突的情况下，将以本说明书(包括定义)为准。另外，材料、方法以及实例仅仅是说明性的并且不打算是限制性的。本公开的其它特征和优点将从以下详细描述和权利要求书显而易见。
1.一种非天然存在的嵌合刺激受体(csr)，其包含：
2.根据权利要求1所述的csr，其中所述活化成分包含以下中的一种或多种的一部分：t细胞受体(tcr)的成分、tcr复合物的成分、tcr共受体的成分、tcr共刺激蛋白的成分、tcr抑制蛋白的成分、细胞因子受体、和所述活化成分的激动剂所结合的趋化因子受体。
3.根据权利要求1所述的csr，其中所述活化成分包含激动剂所结合的cd2细胞外域或其部分。
4.根据权利要求1所述的csr，其中所述信号转导域包含以下中的一种或多种：人类信号转导域的成分、t细胞受体(tcr)、tcr复合物的成分、tcr共受体的成分、tcr共刺激蛋白的成分、tcr抑制蛋白的成分、细胞因子受体和趋化因子受体。
5.根据权利要求1所述的csr，其中所述信号转导域包含cd3蛋白或其部分。
6.根据权利要求5所述的csr，其中所述cd3蛋白包含cd3ζ蛋白或其部分。
7.根据权利要求1所述的csr，其中所述胞内域进一步包含细胞质域。
8.根据权利要求7所述的csr，其中所述细胞质域分离或衍生自第三蛋白质。
9.根据权利要求8所述的csr，其中所述第一蛋白质和所述第三蛋白质相同。
10.根据权利要求1所述的csr，其中所述胞外域进一步包含信号肽。
