本发明是关于囊肿纤维化的组合治疗，尤其是囊肿纤维化跨膜传导调节蛋白(cftr)的调节剂与基因疗法的组合。
背景技术：
1、囊肿纤维化(cf)为由cf跨膜传导调节蛋白(cftr)基因中的突变引起的严重遗传疾病。这些突变导致产生错误cftr蛋白，其功能障碍会影响细胞内部及外部的盐及流体的平衡。此不平衡在肺、胰脏及其他器官中引起浓稠、黏性黏液。
2、针对cf的当前治疗包括cftr调节剂疗法，其尝试校正cftr功能障碍。这些调节剂药物能够增强或甚至恢复引起cf的特定突变的功能表现。这些cftr调节剂药物视其对cftr突变的作用而分为五大类：增强剂、校正剂、稳定剂、通读剂及扩增剂。迄今为止，四种cftr调节剂已开始市售，亦即kalydeco®(依伐卡托(ivacaftor))、orkambi®(鲁玛卡托(lumacaftor)/依伐卡托)、symdeko®(特萨卡托(tezacaftor)/依伐卡托)及trikafta®(埃雷沙卡托(elexacaftor)/特萨卡托/依伐卡托)。
3、cftr调节剂对许多cf患者提供显著改善，但大约10%仍为调节剂不敏感或不耐受的。具体地，尽管cftr通道调节剂最近取得成效，但对于不能耐受离子信道调节剂疗法的副作用的那些患者，或仍缺乏疾病缓解治疗选项的子集，诸如受同型接合i类突变影响的患者，仍有未满足的需求。
4、cf发病及死亡的主要原因为肺病。自1989年对 cftr基因进行了选殖，基因疗法作为针对cf的治疗的可能性已受到显著关注。然而，向气道上皮的基因转移效率一般不良，这至少部分是因为许多病毒载体的各别受体似乎主要位于气道上皮的底外侧表面。这些载体亦可能难以克服身体的宿主防御，且在再施用之后在产生高效表现方面仍然存在困难。由于这些困难，尽管迄今为止已在临床试验中研究针对cf的若干基因疗法方法，包括腺病毒载体、腺相关病毒(aav)载体及基于质体的载体，但至今无一者进展至市场授权阶段，这大部分归因于关于其有限效率的问题。此外，重复施用习知病毒载体的能力(对于自我更新的上皮的终身治疗为必备的)由于患者的适应性免疫反应而受到限制，这阻止成功的重复施用。
5、因此，需要针对cf，尤其针对cf调节剂不敏感或不耐受或缺乏疾病缓解治疗选项的患者的新颖且有效的疗法。具体地，本发明的一目标为提供可组合现有cf调节剂，尤其cftr增强剂与cf基因疗法的新颖疗法，其具有使与cf基因疗法相关的益处最大化的潜力。组合疗法亦可潜在地解决与当前治疗相关的一些缺点，包括调节剂不敏感性/耐受性和/或cf基因疗法载体的不良基因转移效率。
技术实现思路
1、本发明人现已展示cftr调节剂，尤其cftr增强剂及慢病毒基因疗法载体一起的组合不仅能够驱动ctfr表现，且亦改善ctfr功能且恢复气道细胞功能。具体地，使用两种不同的cftr突变背景(i类及ii类)细胞的空气-液体界面(ali)培养物，本发明人已证实，(i)依伐卡托或(ii)含有依伐卡托的组合及含有 cftr转殖基因的经来自呼吸道副黏液病毒的血球凝集素-神经氨酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的siv载体(rsiv.f/hn)的组合能够驱动i类及ii类cftr突变二者的ali模型中的cftr表现，从而恢复cftr氯离子电流及增加纤毛摆动频率。本发明人首次展示了cftr调节剂及cf基因疗法，尤其使用rsiv.f/hn载体的组合可实现i类cftr突变模型中的功能性校正，其中i类剔除式突变导致全长cftr蛋白完全不存在且因此通常不适合使用单独cftr调节剂进行功能性校正。因此，本发明人已证实cftr调节剂，具体地，增强剂及rsiv.f/hn之间对于至少i类及ii类cftr突变的有益及出人意料的作用。甚至更出人意料地，本发明人已证实cftr调节剂，尤其cftr增强剂，诸如包括依伐卡托的那些，实现对由rsiv.f/hn表现的cftr转殖基因的超过预期的增强。具体地，cftr调节剂，尤其cftr增强剂及rsiv.f/hn-cftr组合的效应大于cftr调节剂/增强剂及rsiv.f/hn介导的cftr表现的各别效应的累加效应。这在本文中用cftr增强剂依伐卡托及rsiv.f/hn-cftr示例，实现大于依伐卡托及rsiv.f/hn介导的cftr表现的各别效应的累加效应。因此，本发明人首次证实了cftr调节剂及基于rsiv.f/hn的cf基因疗法的组合的有利治疗潜力，尤其用于具有i类cftr突变的患者，或用于原本cftr调节剂不敏感、不耐受或反应不良的患者。
2、因此，本发明提供一种以下的组合：(i)经来自呼吸道副黏液病毒的血球凝集素-神经氨酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的慢病毒载体，其中该慢病毒载体包含囊肿纤维化跨膜传导调节蛋白(cftr)转殖基因；及(ii) cftr调节剂，以用于治疗囊肿纤维化(cf)的方法中。
3、该慢病毒载体可为siv载体且该呼吸道副黏液病毒可为仙台病毒(sendaivirus)。该转殖基因可以可操作地连接于选自由以下组成的群的启动子：巨细胞病毒(cmv)启动子、延长因子1a (ef1a)启动子及杂合人类cmv强化子/ef1a (hcef)启动子。该慢病毒载体可包含杂合人类cmv强化子/ef1a (hcef)启动子，其或者包含与seqid no: 2具有至少90%一致性的核苷酸序列或由该核苷酸序列组成。该cftr转殖基因可为密码子优化的cftr转殖基因，其或者包含与seq id no: 1具有至少90%一致性的核苷酸序列或由该核苷酸序列组成。该慢病毒载体可使用经密码子优化的质体产生。该慢病毒载体可使用(i) pgm691(seq id no: 7)和/或(ii) pgm830 (seq id no: 9)或pgm326(seq id no: 8)；且优选地还使用pgm299 (seq id no: 11)、pgm301 (seq id no: 12)和/或pgm303 (seq id no:13)产生。该慢病毒载体可为vgm058、vgm195或vgm244。该慢病毒载体可为经仙台病毒血球凝集素-神经氨酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的siv载体，其中：该载体包含经修饰的反转录病毒rna序列，其包含seq id no: 16的核酸序列或由该核酸序列组成。该慢病毒载体可包含f蛋白，其具有包含seq id no: 19的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的第一子单元及包含seq id no: 20的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的第二子单元。该慢病毒载体可进一步包含：(a)包含seq id no: 22的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p17蛋白；(b)包含seq id no: 23的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p24蛋白；(c)包含seq idno: 24的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p8蛋白；(d)包含seq id no: 25的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的蛋白酶；(e)包含seqid no: 26的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p51蛋白；(f)包含seq id no: 27的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p15蛋白；(g)包含seq id no: 28的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p31蛋白；(h)包含seqid no: 29的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的gag蛋白；和/或(i)包含seq id no: 30的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的pol蛋白；其中优选地，该载体包含(a)至(g)中的每一个。
4、该cftr调节剂可为cftr增强剂和/或cftr校正剂，优选地为cftr增强剂。该cftr调节剂可选自依伐卡托、特萨卡托、埃雷沙卡托或鲁玛卡托，或其组合。优选地，该cftr调节剂为依伐卡托。
5、本发明提供以下的组合：(a)经仙台病毒血球凝集素-神经氨酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的siv载体，其中：(a)该载体包含经修饰的反转录病毒rna序列，其包含seq idno: 16的核酸序列或由该核酸序列组成；及(b)该f蛋白包含有包含seq id no: 19的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的第一子单元及包含seq id no: 20的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的第二子单元；以及(b)依伐卡托；以用于治疗囊肿纤维化(cf)的方法中。在该组合中，该载体可进一步包含以下中的一或多者：(a)包含seq id no: 22的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p17蛋白；(b)包含seq id no: 23的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p24蛋白；(c)包含seq id no: 24的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p8蛋白；(d)包含seq id no: 25的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的蛋白酶；(e)包含seq idno: 26的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p51蛋白；(f)包含seq id no: 27的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p15蛋白；(g)包含seq id no: 28的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的p31蛋白；(h)包含seq id no: 29的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的gag蛋白；和/或(i)包含seq id no: 30的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的pol蛋白；其中优选地该载体包含(a)至(g)中的每一个。
6、待治疗的患者可具有至少一个i类、ii类、iii类、iv类、v类和/或vi类cftr突变。该待治疗的患者可具有至少一个i类和/或ii类cftr突变。本发明的组合治疗的用法可与患者的cftr突变分别独立。该待治疗的患者可具有：(a)至少一个选自g542x、w1282x和/或r553c的i类cftr突变；和/或(b)至少一个选自f508del、n1303k和/或i507del的ii类cftr突变。
7、该慢病毒载体及该cftr调节剂可同时或依序施用。该慢病毒载体可通过吸入施用；和/或该cftr调节剂可经口施用。该慢病毒载体可以约88至约1014个转导单位(tu)之间的剂量，优选地约106至约1012个tu之间的剂量施用，其中或者该慢病毒载体以每3个月、每6个月、每12个月、每24个月、每36个月或每48个月的频率施用；和/或该cftr调节剂可以各调节剂的单方疗法所用的浓度或更低的浓度施用。
8、治疗可使cftr活性恢复至健康对照的cftr活性的至少10%。治疗可使cftr活性恢复至健康对照的cftr活性的至少50%。治疗与用单独慢病毒载体治疗相比，可使cftr活性增加至少1.2倍。治疗与用单独慢病毒载体治疗相比，可使cftr电流增加约1.3倍至约3倍或约1.3倍至约1.8倍。该待治疗的患者可具有i类cftr突变且该治疗可：(i)使cftr活性恢复至健康对照的cftr活性的至少10%；和/或(ii)与用单独慢病毒载体治疗相比，使cftr电流增加约1.3倍至约1.8倍或约1.3倍至约3倍。该待治疗的患者可具有ii类cftr突变且该治疗可：(i)使cftr活性恢复至健康对照的cftr活性的至少10%；和/或(ii)与用单独慢病毒载体治疗相比，使cftr电流增加约1.3倍至约3倍或约1.3倍至约1.8倍。在约10%至约20%之间，优选地在约14%至约17%之间的转导率可足以达成如本文所定义的对cftr活性的治疗效应。
9、本发明亦提供一种治疗有需要的个体的cf的方法，其包含向该个体施用治疗有效量的以下中的每一个：(i)经来自呼吸道副黏液病毒的血球凝集素-神经氨酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的慢病毒载体，其中该慢病毒载体包含囊肿纤维化跨膜传导调节蛋白(cftr)转殖基因；及(ii) cftr调节剂。
10、本发明进一步提供经来自呼吸道副黏液病毒的血球凝集素-神经氨酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的慢病毒载体的用途，其中该慢病毒载体包含囊肿纤维化跨膜传导调节蛋白(cftr)转殖基因，该慢病毒载体用于制造供用于治疗cf的方法中的药物，其中该方法进一步包含施用cftr调节剂。
1.一种用于治疗囊肿纤维化(cf)的方法中的组合，其是以下项的组合：(i)经来自呼吸道副黏液病毒的血球凝集素-神经胺酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的慢病毒载体，其中所述慢病毒载体包含囊肿纤维化跨膜传导调节蛋白(cftr)转殖基因；及(ii) cftr调节剂。
2.如权利要求1所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体为siv载体且所述呼吸道副黏液病毒为仙台病毒(sendai virus)。
3.如权利要求1或2所述的组合，其特征在于，所述转殖基因可操作地连接于选自由以下组成的群的启动子：巨细胞病毒(cmv)启动子、延长因子1a (ef1a)启动子及杂合人类cmv强化子/ef1a (hcef)启动子。
4.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体包含杂合人类cmv强化子/ef1a (hcef)启动子，其或者包含与seq id no: 2具有至少90%一致性的核苷酸序列或由该核苷酸序列组成。
5.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述cftr转殖基因为经密码子优化的cftr转殖基因，其或者包含与seq id no: 1具有至少90%一致性的核苷酸序列或由该核苷酸序列组成。
6.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体使用经密码子优化的质体产生。
7.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体使用(i)pgm691和/或(ii) pgm830或pgm326；且优选地还使用pgm299、pgm301和/或pgm303产生。
8.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体为vgm058、vgm195或vgm244。
9.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体为经仙台病毒血球凝集素-神经胺酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的siv载体，其中：该载体包含经修饰的反转录病毒rna序列，其包含seq id no: 16的核酸序列或由该核酸序列组成。
10.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体包含f蛋白，其具有包含seq id no: 19的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的第一子单元及包含seq idno: 20的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成的第二子单元。
11.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体进一步包含：
12.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述cftr调节剂为cftr增强剂和/或cftr校正剂，优选地为cftr增强剂。
13.如权利要求12所述的组合，其特征在于，所述cftr调节剂选自依伐卡托(ivacaftor)、特萨卡托(tezacaftor)、埃雷沙卡托(elexacaftor)或鲁玛卡托(lumacaftor)，或其组合。
14.如权利要求12或13所述的组合，其特征在于，所述cftr调节剂为依伐卡托。
15.一种用于治疗囊肿纤维化(cf)的方法中的组合，其是以下项的组合：
16.如权利要求15所述的组合，其特征在于，所述载体进一步包含以下中的一或多者：
17.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，待治疗的患者具有至少一个i类、ii类、iii类、iv类、v类或vi类cftr突变。
18.如权利要求17所述的组合，其特征在于，所述待治疗的患者具有至少一个i类和/或ii类cftr突变。
19.如权利要求17或18所述的组合，其特征在于：
20.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述慢病毒载体及所述cftr调节剂同时或依序施用。
21.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于：
22.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于：
23.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，治疗使cftr活性恢复至健康对照的cftr活性的至少10%。
24.如权利要求23所述的组合，其特征在于，治疗使cftr活性恢复至健康对照的cftr活性的至少50%。
25.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，与用单独的所述慢病毒载体治疗相比，该治疗使cftr活性增加至少1.2倍。
26.如权利要求25所述的组合，其特征在于，与用单独的所述慢病毒载体治疗相比，该治疗使cftr电流增加约1.3倍至约3倍或约1.3倍至约1.8倍。
27.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述待治疗的患者具有i类cftr突变且该治疗：(i)使cftr活性恢复至健康对照的cftr活性的至少10%；和/或(ii)与用单独的所述慢病毒载体治疗相比，使cftr电流增加约1.3倍至约1.8倍或约1.3倍至约3倍。
28.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，所述待治疗的患者具有ii类cftr突变且该治疗：(i)使cftr活性恢复至健康对照的cftr活性的至少10%；和/或(ii)与用单独的所述慢病毒载体治疗相比，使cftr电流增加约1.3倍至约3倍或约1.3倍至约1.8倍。
29.如前述权利要求中任一项所述的组合，其特征在于，在约10%至约20%之间，优选地在约14%至约17%的间的转导率足以达成如权利要求23至28中任一项中所定义的对cftr活性的治疗效应。
30.一种治疗有需要的个体的cf的方法，其特征在于，包含向该个体施用治疗有效量的以下中的每一个：(i)经来自呼吸道副黏液病毒的血球凝集素-神经胺酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的慢病毒载体，其中所述慢病毒载体包含囊肿纤维化跨膜传导调节蛋白(cftr)转殖基因；及(ii) cftr调节剂。
31.一种经来自呼吸道副黏液病毒的血球凝集素-神经胺酸酶(hn)及融合(f)蛋白假型化的慢病毒载体的用途，其中所述慢病毒载体包含囊肿纤维化跨膜传导调节蛋白(cftr)转殖基因，所述慢病毒载体用于制造供用于治疗cf的方法中的药物，其中所述方法进一步包含施用cftr调节剂。
