本发明具体涉及一种用于松树母本鉴定的分子标记开发及其应用。
背景技术：
1、传统松树的划分主要是根据表型性状进行种质鉴定，但是形态特征在一些树种的区分上并不可靠，主要表现为：一些种在天然分布上存在重叠区域，而生殖上不存在隔离，但是种内的遗传变异较大，这类树种不易区分；不同树种杂交产生的后代，其形态特征和解剖性状通常介于2个亲本之间；有些松树种内群体形态性状的变异较大，在不同的立地条件下,同一种群在形态上产生显著的变异，对观察结果造成影响；还有的种间性状差异仅在一定的生长发育阶段才表现出来，无法在前期对其母本来源做出判断。
2、随着分子标记的发展，为遗传背景一致的种质鉴别提供了成熟可靠的技术。在所有分子标记中，微卫星标记(simple sequence repeat,ssr)和issr(inter-simplesequence repeat)技术二者的稳定性优于rapd(random amplified polymorphic dna)和aflps(amplifiedfragmentlengthpolymorphisms)，前者广泛应用于近缘种及杂种的种质鉴定及种质的遗传多样性评价，但是缺点是需设计特异性引物,而且大量的引物开发成本较高。并且，ssr和issr只能判断杂交后代的亲本树种，无法进一步区分杂交子代的父本和母本。如何鉴定松树母本来源是本领域人员面临的技术问题。
技术实现思路
1、本发明解决的技术问题是如何提供一种鉴定松树母本来源的方法。
2、为了解决上述技术问题，本发明提供了下述应用。
3、检测snp237、snp336、snp351、snp412、snp598和/或snp646的物质在鉴定待测松树母本或在制备鉴定待测松树母本产品中的应用；
4、所述snp237为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第237位核苷酸，其为c或t；
5、所述snp336为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第336位核苷酸，其为g或t；
6、所述snp351为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第351位核苷酸，其为a或c；
7、所述snp412为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第412位核苷酸，其为a或c；
8、所述snp598为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第598位核苷酸，其为c或t；
9、所述snp646为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第646位核苷酸，其为t或c。
10、上文中，所述待测松树母本可为樟子松、赤松、油松、红松、新疆五针松、华山松、白皮松或北美乔松中的任一种。
11、为了解决上述技术问题，本发明还提供了下述应用。
12、所述应用为下述任一种：
13、1)检测snp237的物质在制备鉴定待测松树母本是否来自白皮松产品中的应用；
14、2)检测snp412的物质在制备鉴定待测松树母本是否来自樟子松产品中的应用；
15、3)检测snp646的物质在制备鉴定待测松树母本是否来自北美乔松产品中的应用；
16、4)检测snp336、snp598的物质在制备鉴定待测松树母本是否来自红松产品中的应用；
17、5)检测snp351、snp412的物质在制备鉴定待测松树母本是否来自松树a产品中的应用，所述松树a组分为赤松和油松；
18、6)检测snp336、snp598和snp646的物质在制备鉴定待测松树母本是否来自松树a产品中的应用，所述松树a组分为新疆五针松和华山松；
19、所述snp237为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第237位核苷酸，其为c或t；
20、所述snp336为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第336位核苷酸，其为g或t；
21、所述snp351为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第351位核苷酸，其为a或c；
22、所述snp412为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第412位核苷酸，其为a或c；
23、所述snp598为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第598位核苷酸，其为c或t；
24、所述snp646为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第646位核苷酸，其为t或c。
25、上文中，所述序列1为线粒体dna序列，其包括内含子序列。在实际检测过程中snp237、snp336、snp351、snp412、snp476、snp598、snp646的可通过检测序列1转录的mrna、mrna反转录的cdna的核苷酸序列或其编码蛋白的氨基酸序列来检测分析。
26、为了解决上述技术问题，本发明还提供了下述方法。
27、所述方法来自下述任一种：
28、m1)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自白皮松的方法，包括检测待测松树线粒体中snp 237，根据检测结果确定待测松树母本是否来自白皮松，所述snp237来自权利要求1所述snp 237；
29、若待测松树snp237为t，所述待测松树母本来自白皮松；若待测松树snp237为c，所述待测松树母本不来自白皮松；
30、m2)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自樟子松的方法，包括检测待测松树线粒体中snp412，根据检测结果确定待测松树母本是否来自樟子松，所述snp412来自权利要求1所述snp412；
31、若待测松树snp412为a，所述待测松树母本来自樟子松；若待测松树snp412为c，所述待测松树母本不来自樟子松；
32、m3)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自北美乔松的方法，包括检测待测松树线粒体中snp646，根据检测结果确定待测松树母本是否来自北美乔松，所述snp646为权利要求1所述snp646；
33、若待测松树snp646为c，所述待测松树母本来自北美乔松；若待测松树snp646为t，则待测松树母本不来自北美乔松；
34、m4)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自红松的方法，包括检测待测松树线粒体中snp336、snp598，根据检测结果确定待测松树母本是否来自红松，所述snp336为权利要求1所述snp336，所述snp598为权利要求1所述snp598；
35、若待测松树snp336为t、snp598为t，所述待测松树母本来自红松；反之待测松树母本不来自红松；
36、m5)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自松树a的方法，包括检测待测松树线粒体中snp351、snp412，根据检测结果确定待测松树母本是否来自松树a，所述snp351为权利要求1所述snp351，所述snp412为权利要求1所述snp412，所述松树a组分为赤松和油松；
37、若待测松树snp351为a、snp412为c，则待测松树母本来自松树a；反之待测松树母本不来自松树a；
38、m6)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自松树a的方法，包括检测待测松树线粒体中snp336、snp598和snp646，根据检测结果确定待测松树母本是否来自松树a，所述snp336为权利要求1所述snp336，所述snp598为权利要求1所述snp598，所述snp646为权利要求1所述snp646，所述松树a组分为新疆五针松和华山松；
39、若待测松树snp336为t、snp646为t、snp598为c，则待测松树母本来自松树a；反之待测松树母本不来自松树a
40、所述snp237为c是序列1第237位核苷酸为c；
41、所述snp237为t是序列1第237位核苷酸为t；
42、所述snp336为g是序列1第336位核苷酸为g；
43、所述snp336为t是序列1第336位核苷酸为t；
44、所述snp351为c是序列1第351位核苷酸为c；
45、所述snp412为a是序列1第412位核苷酸为a；
46、所述snp412为c是序列1第412位核苷酸为c；
47、所述snp598为c是序列1第598位核苷酸为c；
48、所述snp598为t是序列1第598位核苷酸为t；
49、所述snp646为t是序列1第646位核苷酸为t；
50、所述snp646为c是序列1第646位核苷酸为c。
51、上文中，若待测松树母本为樟子松，待测松树基因组序列1区域序列为序列2。
52、上文中，若待测松树母本为赤松，待测松树基因组序列1区域序列为序列3。
53、上文中，若待测松树母本为油松，待测松树基因组序列1区域序列为序列4。
54、上文中，若待测松树母本为红松，待测松树基因组序列1区域序列为序列5。
55、上文中，若待测松树母本为新疆五针松，待测松树基因组序列1区域序列为序列6。
56、上文中，若待测松树母本为华山松，待测松树基因组序列1区域序列为序列7。
57、上文中，若待测松树母本为白皮松，待测松树基因组序列1区域序列为序列8。
58、上文中，若待测松树母本为北美乔松，待测松树基因组序列1区域序列为序列9。
59、为了解决上述技术问题，本发明还提供了下述产品。
60、所述产品为下述任一种：
61、p1)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自白皮松的产品，包括检测待测松树的snp的的物质，所述snp为权利要求1中所述snp237；
62、p2)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自樟子松的产品，包括检测待测松树的snp的物质，所述snp为权利要求1中所述的snp412；
63、p3)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自北美乔松的产品，包括检测待测松树的snp的物质，所述snp为权利要求1中所述的snp646；
64、p4)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否来自红松的产品，包括检测待测松树的snp的物质，所述snp为权利要求1中所述的snp336和snp598；
65、p5)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否自松树a的产品，所述松树a组分为赤松和油松，包括检测待测松树的snp的物质，所述snp为权利要求1中所述snp351和snp412；
66、p6)鉴定或辅助鉴定待测松树母本是否自松树a的产品，所述松树a组分为新疆五针松和华山松，包括检测待测松树的snp的物质，所述snp为权利要求1中所述snp336、snp598和snp646。
67、上述的应用、方法、产品中，所述检测snp237、snp336、snp351、snp412、snp598和/或snp646的物质的产品为如下d1)、d2)、d3)或d4)：
68、d1)含有特异性扩增检测所述snp的体外核酸扩增引物；
69、d2)含有d1)所述体外核酸扩增引物的体外核酸扩增试剂；
70、d3)含有d1)所述体外核酸扩增引物或d2)所述体外核酸扩增试剂的试剂盒；
71、d4)含有d1)所述体外核酸扩增引物、d2)所述体外核酸扩增试剂或d3)所述试剂盒的检测仪器。
72、所述体外核酸扩增技术可为聚合酶链式反应(pcr)、链替代扩增(sda)、连接酶链式反应(lcr)和依赖核酸序列的扩增(nasba)、滚环核酸扩增(rca)、环介导等温扩增(lamp)、依赖解旋酶的等温扩增技术(hda)或qβ复制技术。
73、本技术以聚合酶链式反应(pcr)为扩增手段，进行多态性检测。
74、d1)中所述特异性扩增可通过扩增产物的有无或者通过扩增产物的有无再结合探针等辅助试剂来检测snp1-snp8多态性位点的核苷酸序列。
75、上述应用、方法和产品中，所述体外核酸扩增引物可被标记物标记也可不被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如32p；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(dig)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(fret)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、x射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测。
76、上述m1)中，若所述待测松树母本不来自白皮松，则所述待测松树母本可来自樟子松、赤松、油松、红松、新疆五针松、华山松或北美乔松。
77、上述m2)中，若所述待测松树母本不来自樟子松，则所述待测松树母本可来自白皮松、赤松、油松、红松、新疆五针松、华山松或北美乔松。
78、上述m3)中，若所述待测松树母本不来自北美乔松，则所述待测松树母本可来自白皮松、樟子松、赤松、油松、红松、新疆五针松或华山松。
79、上述m4)中，若所述待测松树母本不来自红松，则所述待测松树母可来自白皮松、樟子松、赤松、油松、新疆五针松、华山松或北美乔松。
80、上述m5)中，若所述待测松树母本不来自赤松和油松，则所述待测松树母本可来自白皮松、樟子松、红松、新疆五针松、华山松或北美乔松。
81、上述m6)中，若所述待测松树母本不来自新疆五针松和华山松，则所述待测松树母本可来自白皮松、樟子松、赤松、油松、红松或北美乔松。
82、上述的应用、产品或方法中，所述体外核酸扩增引物包括扩增的引物对e；所述引物对e由引物e-f和e-r组成；
83、所述引物e-f是核苷酸序列是序列10的单链核苷酸分子；所述引物e-r是是核苷酸序列是序列11的单链核苷酸分子。
84、为了解决上述技术问题，本发明还提供了下述应用。
85、检测待测松树母本的物质在鉴定待测松树亲本或在制备鉴定待测松树亲本产品中的应用；所述检测待测松树母本的物质为检测snp237、snp336、snp351、snp412、snp598和/或snp646的物质；
86、所述snp237为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第237位核苷酸，其为c或t；
87、所述snp336为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第336位核苷酸，其为g或t；
88、所述snp351为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第351位核苷酸，其为a或c；
89、所述snp412为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第412位核苷酸，其为a或c；
90、所述snp598为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第598位核苷酸，其为c或t；
91、所述snp646为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第646位核苷酸，其为t或c。。
92、为了解决上述技术问题，本发明还提供了下述应用。
93、序列1在制备鉴定松树母本或亲本来源产品中的应用。
94、序列1在鉴定松树母本来或亲本源中的应用。
95、序列1所示的核苷酸序列。
96、所述松树可为赤松(pinus densiflora)、樟子松(pinus sylvestris)、油松(pinus tabuliformis)、白皮松(pinus bungeana)、红松(pinus koraiensis)、华山松(pinus armandii)、北美乔松(pinus strobus)或新疆五针松(pinus sibirica)。
97、有益效果
98、本发明公开了一种用于松树母本鉴定的分子标记开发及其应用。解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定松树母本。具体公开了检测snp237、snp336、snp351、snp412、snp598和/或snp646的物质在鉴定待测松树母本或在制备鉴定待测松树母本产品中的应用；所述snp237为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第237位核苷酸，其为c或t；所述snp336为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第336位核苷酸，其为g或t；所述snp351为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第351位核苷酸，其为a或c；所述snp412为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第412位核苷酸，其为a或c；所述snp598为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第598位核苷酸，其为c或t；所述snp646为松树线粒体中的一个snp，为序列1的第646位核苷酸，其为t或c，根据序列确定待测母本来源，本发明可用于工农业生产。
1.检测snp237、snp336、snp351、snp412、snp598和/或snp646的物质在鉴定待测松树母本或在制备鉴定待测松树母本产品中的应用；
2.应用，其特征在于，所述应用为下述任一种：
3.方法，其特征在于，所述方法来自下述任一种：
4.产品，其特征在于，所述产品为下述任一种：
5.权利要求1或2所述的应用、权利要求3所述的方法、权利要求4所述的产品，其特征在于，所述检测snp237、snp336、snp351、snp412、snp598和/或snp646的物质的产品为如下d1)、d2)、d3)或d4)：
6.根据权利要求5所述的应用、产品或方法，其特征在于，所述体外核酸扩增引物包括扩增的引物对e；所述引物对e由引物e-f和e-r组成；
7.检测待测松树母本的物质在鉴定待测松树亲本或制备鉴定待测松树亲本产品中的应用；所述检测待测松树母本的物质为检测snp237、snp336、snp351、snp412、snp598和/或snp646的物质；
8.序列1在制备鉴定松树母本或亲本来源产品中的应用。
9.序列1在鉴定松树母本或亲本来源中的应用。
10.序列1所示的核苷酸序列。
